戊子分校省闱，喜得曹本荣等五名当时的名士，人服其鉴。直指聂山右人也，以私怨中伤一县尹，授意吕慎多去办这件事，吕慎多不答应，他说：“用杀人的手段去取媚于人，我不做这样的事情。”因此遭到怀恨，并向朝廷上书弹劾吕慎多。不久，事情真相大白，朝廷很欣赏吕慎多的正直，于是升刑部浙江司主政，继而任涉江南司员外郎。断案时秉公执法，以法处刑，民无怨民，有汉朝名吏张释之、于定国之风范。受到祖父吕坤的赞赏和倚重。

三年后卸任归田，赋闲游历20余年。在家抚恤鳏寡老人，救助危难之人，乡人为之制“万人屏”歌颂他的功德。他嗜读古书，手不停卷。生平著述颇丰，但是都没有刊印。