元朝末年，群雄并起，吕文燧散尽家财，与弟吕文烨招募壮士三千人，与起义军连续作战，击退敌军。三次授以官职，皆不接受。朝廷谗杀其弟，吕文燧不敢怒。朱元璋平定婺州，吕文燧的族人率军归降。朱元璋大喜，置永康翼，以吕文燧为左副元帅兼知县事。吕文燧以事留杭州未返，命弟吕文烜暂代。后召为营田司经历，历任中书省管勾、江西行省都事，擢庐州府知府。到任三个月，浙西平定，改任嘉兴府知府。松江有人作乱，进攻嘉兴，吕文燧栅内署，率壮士拒守。李文忠率援军至，乱军就擒，诸将欲屠城。吕文燧说：“作乱者贼也，民何罪？”力止之。满三年，入朝。奉诏持节谕告阇婆国（今印度尼西亚）。

洪武三年（1370）十一月，行至兴化，病逝于驿站。

洪武四年（1371），嘉兴府丞以下坐盐法死者数十人，官府以吕文燧曾署名公牍，请求查抄其家。明太祖说：“文燧诚信，必不为奸利，且没于使事，可念也，勿籍。”