吕秉权大学毕业后曾投考香港海关督察一职。虽通过测验及获聘请，但海关于1998年4月30日因“家庭成员当中有精神病患者”为由，拒绝聘用他为督察。吕秉权于2004年透过平等机会委员会入禀区域法院，控告海关关长违反《残疾歧视条例》，要求政府赔偿收入及心灵上损失。其后他和海关达成庭外和解协议，协议内容则未有透露。

他于2005年12月转职有线电视，2007年中成为首位被派驻上海的中国组记者，兼任驻上海新闻中心主任。同时参与有线电视财经资讯台专题节目神州穿梭的制作至今。

吕秉权曾于无线新闻工作，报道港闻及内地新闻，亦曾担任主播及驻北京记者。他于2004年初因在广州采访非典型肺炎期间，因进食了野味而发烧而一度被怀疑染上非典型肺炎，后被证实为虚惊一场。