1997年、2004年两次应邀赴台北，参加明清戏曲和《汤显祖与牡丹亭》学术会议；2004年赴美探亲时，应哈佛大学费正清东亚研究中心主任伊维德教授邀请，对哈佛大学进行访问并作学术讲座；2005年又应香港城市大学中国文化研究中心主任郑培凯教授邀请，访问该校和讲学。陆续出版有《曲品校注》（中华书局1991年出版， 2006年第三次修订重印）、《梁辰鱼集》辑校（上海古籍出版社，1998）、《中国古代文学作品选注》“元代卷”（担任此分卷主编，此书由袁行霈先生为主编的高校文科教材，中华书局，2007）。还校点有《西厢记》、《牡丹亭》、《桃花扇》，收入辽宁教育出版社《新世纪万有文库》；校点《焚香记》、《高文举珍珠记》、《琥珀匙》等古典戏曲名著，收入中华书局《明清传奇选刊》。另外合作主编《中国十大古典悲喜剧》校注（上海文艺出版社，1898）、《古本戏曲剧目提要》（文化艺术出版社，1998）。北大图书馆百年馆庆时，作为北大校友，应邀帮助该馆推出《不登大雅堂文库戏曲丛刊》（2003）；又应首都图书馆约请主编《绥中吴氏抄本稿本戏曲丛刊》（2004），皆由学苑出版社出版。他还从事古典白话小说的整理和研究工作，先后与北大同窗陈熙中、张明高、王锳等合作，出版有“三言”（北京十月文艺出版社，1994）、“二拍”（北京同心出版社，1995）及《型世言》的校注本（新华出版社，1999）。“三言”校注本已经成为许多高校文学史课程的重要参考书；《型世言》甫问世，就受到国内外学者的关注，海外媒体曾予以介绍，称这是国内第一个校注本。承担了大型资料丛书《中国古典戏曲论著集成》的订补工作。他先后在《文学遗产》、《国学研究》、《戏曲研究》、《新燕京学报》、《中华文史论丛》、《中国文化研究》及《文献》等学术刊物上，发表戏曲考证文章数十篇，已结集为《吴书荫戏曲文录》一书，即将付梓。《曲品校注》在1992年全国古籍出版社长沙会议上被评为二等奖；《古本戏曲剧目提要》获1998年北京市第五届社会科学优秀著作一等奖。现正与华玮研究员（台湾中央研究院文哲所）、江巨荣教授（复旦大学中文系）共同主编《清代古典戏曲总目》，还与陈庆浩教授（法国科学研究中心）一起主持编纂《全清戏曲》，两书将分别由中华书局和学苑出版社出版。小传收入《中国当代名人录》(二版)、《中国专家人名辞典》英国剑桥传记中心、美国传记协会及韩国等名录。