万历三十二年（1604年）进士。初任南充知县，因办事干练，升为兵部给事中。任谏官10余年。议事不避权贵，不畏内宦，敢于直言，曾多次上书讽谏时弊。当时万历怠政，不理政务，内阁只有朱赓一人，吏部没有“掌印”官，不能给牒，以致于数千人在京中等待赴任，动弹不得。1612年，朝廷委派尚书舒应龙守边。吴亮嗣上书言其衰老不能胜任，又弹劾内监桂茂杖杀四品武官；揭发内监高采在福建肆虐多年，又在广东作恶，激起民变之罪；奏劾杨镐为辽东守备时，与总兵争礼不和；疏理熊廷弼冤案，敢担风险为之廷争，使熊复出。吴亮嗣于万历末年的奏疏中说：“皇上每晚必饮，每饮必醉，每醉必怒。酒醉之后，左右近侍一言稍违，即毙杖下。”。天启元年（1621年）升太常寺少卿转中宪大夫。吴亮嗣是楚党领袖人物，与东林党人有怨。天启三年（1623年），东林党人赵南星入主吏部，吴亮嗣被弹劾。天启三年（1623年）十二月卸任回籍，年底卒于家。