2012赛季从杭州绿城俱乐部转会至贵州人和

2013赛季从贵州人和俱乐部自由转会至杭州绿城

吴伟在浙江绿城开始职业足球生涯，2004赛季曾经是球队主力，后来成为球队后防线的主要替补球员，2006年跟随球队升级到中超联赛。2007赛季曾经被用作前锋，并射进2球。2009年因不符合主教练周穗安的战术要求被挂牌，无人问津后离开球队到宁波大学学习，2010年回归杭州绿城。2012年1月，日本教练冈田武史成为球队新任主教练后，吴伟被放弃，未能得到球队续约。

2012年2月，在跟随贵州人和短暂试训后，吴伟自由转会加盟球队。他在2012赛季联赛替补出场6次，球队获得联赛第四名并历史上首次获得2013年亚足联冠军联赛的参赛资格。2013赛季，他在联赛出场14次，跟随球队再次获得联赛第四名并获得2013年中国足协杯冠军。