2000年，在上海市妇女联合会的推动下，开办了综合性大学中的第一所女子学院——同济大学女子学院。

2002年11月，当选为中国共产党第十六届中央委员会候补委员。

2003年6月，任中华人民共和国教育部副部长、党组成员。

2003年—2008年，任中华全国妇女联合会副主席。

2009年1月，任清华大学工程教育研究中心主任。

2011年5月，入选“2011年中国工程院院士增选有效候选人名单”。

吴启迪在同济大学任教期间，开始了自动化领域两个主题之一的CIMS主题研究；另提出了管理学界“并行工程”“事务重建”等理论，用控制理论的方法，对管理学中的这里进行形式化描述和量化分析；另在办公自动化、企业住处系统、社会住处系统和智能建筑物等领域做出研究。

截至2019年11月，吴启迪已出版专著10余部，发表学术论文200余篇。

截至2019年11月，吴启迪已主持完成国家、省部级科研项目30余项。

截至2020年4月，吴启迪已获得中国高校科技进步二等奖（2000年、2001年、2007年），上海市科技进步一等奖（2001年）、二等奖（2000年、2004年）和三等奖（1995年、2001年和、2006年），国家教育部科技进步一等奖（2004年、2006年）等奖项。

自20世纪80年代吴启迪就意识到，大学应该培养开放性、国际化的人才。在同济大学，吴启迪锐意改革，结合该校对外交往的传统，在世界上公认的“教学、科研和社会服务”三项大学责任的基础上，提出加强“国际交往”。将同济大学的发展目标确立为“研究型、综合性、国际化的世界高水平大学”。

吴启迪认为，培养研究生是要培养他们锲而不舍有始有终的作风，培养他们的责任感和事业心。

在研究生培养过程中，吴启迪放手培养学生独立思考、独立开展科研工作的能力和创新能力。注重对选题的指导，要求学生承担实际科研项目，鼓励学生在读期间发表学术论文。在选题时，要求学生阅读文献资料，博士生一般在开题前就应阅读100篇左右的文献。因为只有了解了本专业领域的研究现状和发展趋势才能有理有据，正确选题，而正确的选题为日后论文工作打下了基础。吴启迪还订阅多种原版学术杂志，供研究生参考，为研究生接触本专业领域中的前沿技术提供方便。

吴启迪从不压抑学生的个性，总是循循善诱，将学生的健康成长放在第一位。鼓励学生参加助教、助管工作，在学校中承担一定的社会工作，让学生走上讲台授课，走向社会挂职锻炼。在课题组承接的项目中，也让学生参加一部分项目组织管理工作。

吴启迪已获得上海市教育成果二等奖（2004年），国家教育成果二等奖（2005年、2009年）等奖项。

吴启迪指导培养的学生有时任同济大学妇女工作委员会常务副主任肖辉教授，时任同济大学济勤学堂执行院长乔非教授等。

吴启迪的父亲曾任上海交通大学教授，吴启迪共有姐妹三人，她排行第三，上面还有两个姐姐。

吴启迪的丈夫是中国半导体行业协会原理事长江上舟，其儿子的名字是吴江枫。

“吴启迪为上海市欧美同学会的发展作出了自己的贡献。”（留学生杂志社评）

“吴启迪为人师者的风范和兼济天下的家国情怀如同一颗启明之星，照耀着同济学子，引领着同济学子孜孜以求、锐意进取、追求真理、拼搏创新，即便在逆境中也能始终保持乐观坚强的生活态度，披荆斩棘，勇往直前。”（同济大学电子与信息工程学院评）

“吴校长（吴启迪）是个非常有思想有远见有胸怀的校长。”（中国当代艺术家王小慧评）

“走近她，你会发现这是一个再普通不过的普通人，然而当你认识并了解她，会认为她身上散发着非常人的光彩，这就是吴启迪，一个比共和国还年长的教育女精英。”（人民网评）

2010年5月，由吴启迪和同济大学自动化专业88级的几名校友共同出资设立的“启迪奖学金”捐赠仪式在同济大学逸夫楼举行。