清康熙五十四年(1715)进士，授编修，任河南乡试副考官。雍正七年(1729)，任河南乡试正考官，提督河南学政，擢任右中允，迁侍讲。历官少詹事、顺天(今北京)学政，转右通政，又擢左佥都御史。两为学政，以廉明见称。十三年，任湖北巡抚、兵部右侍郎，兼巡抚。上疏弹劾布政使李世倬、按察使胡瀛为政废弛，得到雍正帝嘉奖。 　黄州郡麻城县百姓涂如松与其妻杨氏不和，反目相争，杨氏逃回家，其兄藏匿于家，反诬涂如松殴妻致死，贿嘱灭尸。该案株连官吏、妇女百余人。吴应棻力察其冤，飞奏停判，用县令陈鼎之计，缉获杨氏，全盘否定总督迈柱所定之错案。楚中时有“龙图(包拯)再世”之称。乾隆元年(1736)，入都供职，命勘察河南疑狱、广东参案。在广东发现程、安、德三县缴粮数额过重，奏请蠲免。官终兵部左侍郎。