更新时间：2023-12-28 17:03
嘉靖二十二年（1543），考中乡试第二名。
嘉靖二十三年（1544），考中进士，授刑部主事。崔鉴十三岁，愤怒于父亲的小妾欺凌母亲，手刃了他。吴桂芳为著论拟定赦免。刑部尚书闻渊曰：“此董仲舒《春秋》断狱，柳子厚（柳宗元）《复雠议》也”。崔鉴于是得到赦免。次年，闻渊改任吏部尚书，欲任命吴桂芳为言官。遇上吴桂芳听说继母生病，于是请求归乡，留之不可。丁忧守制，服除，起任礼部主事，历任祠祭司郎中。出任扬州知府。防御倭寇有功，迁俸一级。又建议增筑外城。扬州有二城，自吴桂芳始。历任临清兵备副使、山东督学副使、广东参政、浙江按察使、浙江右布政使、浙江左布政使。福建巡抚因为被倭寇击败而罢官，严嵩心怀旧恨，说：“非吴公不可代”，于是升任右佥都御史、福建巡抚。任命下达，遇上父亲去世，吴桂芳归乡守制，严嵩惊愕说：“有福人，未可量”。服阕，任郧阳抚治。升任右副都御史、河道总督，没有上任。
两广群盗河源李亚元、程乡叶丹楼连年为患，潮州的旧倭寇屯据邹塘。吴桂芳率先讨伐倭寇。以降贼伍端为前锋，官军继进，一天之内连克三巢，焚斩四百余人。得到明世宗的嘉奖，令与南赣提督吴百朋乘胜灭贼。而新倭寇进攻福建省，为戚继光所败，撤退入境。吴桂芳、吴百朋会调土、汉兵，乘其初至，急击之。倭寇大惧，纷纷奔逃甲子澳（今广东陆丰市甲子镇甲子港）、崎沙澳（今广东省陆丰市碣石湾），夺渔舟入海。暴风起，皆船翻溺死。逃脱的人返回海丰，被副总兵汤克宽擒斩殆尽。吴桂芳建议海道副使管辖东莞以西至琼州，领番夷市舶，更设海防佥事，巡东莞以东至惠州、潮州，专御倭寇。吴桂芳又讨平李亚元、叶丹楼。
降贼王西桥、吴平降而复叛。王西桥劫掠东莞，击败都指挥刘世恩，活捉肇庆同知郭文通，请求招抚。吴桂芳擒斩王西桥，进讨吴平。吴平初据南澳，为戚继光、俞大猷所败，奔走饶平凤凰山，劫掠民船出海，自阳江奔安南（今越南）。吴桂芳命安南万宁宣抚司进剿，遣汤克宽以舟师会师，夹击吴平于万桥山下。明军乘风纵火，吴平的军队死伤无数，擒斩三百九十余人。参将傅应嘉进言吴平已经被擒，后又说吴平已经溺死。福建巡抚汪道昆上奏，吴桂芳不肯，说：“风火交炽时，何以知其必死也？”吴平的同党林道乾再次进攻南澳，时议设置参将戍守。吴桂芳进言：“澳中地险而腴。元时曾设兵戍守，戍兵即据以叛，此御盗生盗也，不如戍柘林为便。”采纳了他的意见。召为南京兵部右侍郎，改任兵部右侍郎。
隆庆初年，转任兵部左侍郎，吴桂芳因疾归乡。言官数次上奏推荐。
万历三年（1575）冬，起任漕运总督兼凤阳巡抚。次年春，吴桂芳以淮河、扬子江洪水奔流，惟云梯关一径入海，致海涌横沙，河流泛溢，而兴、盐、高、宝诸州县所在受灾，请益开草湾及老黄河故道以广入海之路，修筑高邮东西二堤以蓄湖水。皆下所司议行。不久，草湾河工告成。同年秋，黄河决口于曹县、徐州、桃源，给事中刘铉上疏建议漕河，弹劾吴桂芳。吴桂芳上疏辩解：“草湾之开，以高、宝水患冲啮，疏以拯之，非能使上游亦不复涨也。今山阳以南诸州县，水落布种，斗米四分，则臣斯举亦既得策矣。若徐州、邳州以上，非臣所属，臣何与焉。”于是请求辞职。御史邵陛进言：“诸臣以河涨归咎草湾，阻任事气，乞策励桂芳，益底厥绩，而诘责河臣傅希挚旷职。”得到采纳。
次年，傅希挚建议塞崔镇决口，束水归漕，而吴桂芳欲冲刷成河以为老黄河入海之道。廷议以二人意见不合，傅希挚改任陕西巡抚，以李世达代任。不久，又改李世达他任，命吴桂芳任河漕总督。
万历六年（1578）正月，诏进工部尚书兼右副都御史，居职如故。不足一月，去世。不久，以高邮湖堤竣工，赠太子少保。
当时，严嵩专权，他的儿子严世蕃横行，希望与名士通婚，听说吴桂芳有一女，于是亲自造访吴桂芳，请求说：“愿以我的儿子做你的女婿”。吴桂芳害怕有猫腻，于是假装吃惊说：“某止一女，与给事中朱应辰之子负盛意，奈何？”拒绝了严世蕃，但严世蕃不知道是吴桂芳借口推脱婚事。一个月后，吴桂芳催宋给事出聘，被严世蕃得知，被严世蕃忌恨。当时扬州深受倭寇之害，于是严世蕃让吴桂芳出任扬州知府。