车站设计发送能力1.6万人次/日，候车大厅3400平方米，售票厅800平方米，售票窗口14个，场地可停泊班车200辆。汽车站统筹考虑了吴江区的公交客运，设置了4条公交线路的车辆周转站和规范的出租车停靠站，专辟社会车辆和非机动车停放区，是一个综合性的交通客运枢纽。

2017年9月1日，吴江汽车客运站新增实名制验票环节。