吴煦档案是吴煦在其活动中形成及抄存的文件材料，上起乾隆二十三年(1758)，下至同治六年(1867)，包括奏折、照会、函牍、记事、探报、译报、帐册等文种数万件，1953年在杭州发现，1959年后存太平天国历史博物馆，1978年又得到补充。

该书共选编档案2231件，其中书信1796件，按问题分成4 个部分，各部分内按文体设类，类内按具文时间排列，第一部分为太平天国资料；第二部分为会党活动及农民抗漕斗争资料；第三部分为中外交涉及资本主义列强侵华资料；第四部分为清政府财政经济资料。内容涉及清代五朝的政治、外交、经济、军事、司法等方面的情况。乾隆、嘉庆年间的，有抄存的河工、采办铜斤、军务事例官员铨选、奖惩抚恤及刑讼事例等资料；道光年间的，有浙江人民反抗英国发动鸦片战争，浙江农民抗漕及地方钱漕、灾赈，江苏县府衙门交接清册、收支帐项刑讼案件等资料；咸丰年间的,有清朝及外国军队镇压上海、青浦、川沙、嘉定、宝山小刀会起义，罗掘镇压太平天国军费，清军及洋枪队镇压太平军、捻军，第二次鸦片战争及清朝政府屈辱投降等资料；同治年间的,有关于“常胜军”及第二次鸦片战争后清朝与英法、美、俄进一步勾结镇压太平天国等资料。