初任婺源县令，他一到婺源，就写“谮诉不行，强御不避，苞苴不入，关节不通”4句话贴在县衙仪门上。时朝廷推行久任法，琯任婺源县令6年，始终遵循自己的4句诺言。任职期间，设保甲，置乡约，遍访善恶，对横行霸道的不法者，只要抓到证据，便将其拘到约所，当众审问，绳之以法，因而全境秩序井然。又在乡间倡立社仓，劝募富户出谷赈济贫困，受到百姓的称颂。

万历五年(1577年)调任给事中，刚好神宗要大兴土木建造佛寺，吴琯上疏力谏止。在此期间，曾奉旨代表朝廷检阅京军三大营，综核名实，甚为威严。不久，父母去世，回云霄守孝。服满，调南京吏科，刚到任病逝，婺源百姓为之痛哭。

吴琯有才学，勤博览，在婺源时，奖励后学，校刊有《唐诗纪》、《合刻山海经水经》等，著有《古今逸史》。离任时，婺人为其在县东街立生祠。今福建师范大学图书馆存有《古今逸史》，编者于凡例中称：其人则一时巨公，其文则千载鸿笔。入史则可补其缺，出正史则可拾其遗。