吴良辅，受到顺治帝的宠幸，因而专权把持朝政，顺治15年时，发生宦官与官员贿赂勾结的案件，吴良辅牵涉其中，但顺治帝袒护他而未依照他自己所订禁宦官干政的谕令处罚，但顺治帝逝世后，即于康熙元年由孝庄皇太后下旨依“变易祖宗制度”之罪被处死刑。有说在董鄂妃死后顺治帝叫他最宠任的内监即吴良辅去悯忠寺（今北京市广安门内法源寺）削发，他本人也曾亲自前往观看过。

康熙元年二月，朝廷发布吴良辅罪行：谕吏部、刑部等大小各衙门、朕惟历代理乱不同、皆系用人之得失。大抵委任宦寺、未有不召乱者。加以佥邪附。和其间。则为害尤甚。我太祖太宗、痛鉴往辙、不设宦官。先帝以宫闱使令之役、偶用斯辈。继而深悉其奸。是以遗诏有云、祖宗创业、未尝任用中官。且明朝亡国、亦因委用宦寺。朕凛承先志。厘剔弊端。因而详加体察。乃知满洲佟义、内官吴良辅、阴险狡诈。巧售其奸。荧惑欺蒙。变易祖宗旧制。倡立十三衙门名色。广招党类。恣意妄行。钱粮借端滥费、以遂侵牟。权势震于中外、以窃威福。恣肆贪婪。相济为恶。假窃威权。要挟专擅。内外各衙门事务、任意把持。广兴营造、糜冒钱粮、以致民力告匮、兵饷不敷。此二人者、朋比作奸。挠乱法纪。坏本朝淳朴之风俗。变祖宗久定之典章。其情罪重大。稔恶已极。通国莫不知之。虽置于法、未足蔽辜。吴良辅已经处斩。佟义若存、法亦难贷。已服冥诛。著削其世职。十三衙门、尽行革去。凡事皆遵太祖太宗时定制行。内官俱永不用。又刘正宗、亦当仰遵遗诏、置之重典。但念其年老。姑从宽免。其党类亦皆赦宥。尔等即传布中外。刊示晓谕。咸使知悉。