吴莉苇：《史学研究中的后现代取向──从几部论著看后现****论在史学研究中的利弊》，刊《史学理论研究》（CSSCI），2000年第2期（2000.4.），页120-132。

吴莉苇：《从传教士到东方学家——据文献传播看欧洲汉学史上一次重大转变》，刊《华林》第一卷，中华书局2001年4月，页339-355。

张国刚、吴莉苇：《西方理论与中国研究——从〈白银资本〉谈几点看待西方理论架构的意见》，刊《史学月刊》（CSSCI），2002年第1期（2002.1.），页98-106。

吴莉苇：《耶稣会士傅圣泽与早期欧洲汉学》，刊《中国文化研究》（CSSCI），2002年第3期（2002.8.），页166-175。

吴莉苇：《史学理论的变迁与后现代史学的地位：评〈后现代与历史学中西比较〉》，刊张国刚主编：《中国社会历史评论》第4卷，商务印书馆2002年10月，页595-603。

吴莉苇：《试析“礼仪之争”背后的权力冲突》，刊《中华文史论丛》第69辑，上海古籍出版社2002年12月，页118-138。

张国刚、吴莉苇：《蒙元时代西方在华宗教修会》，刊《海交史研究》，2003年第1期（2003.6.），页57-64。

张国刚、吴莉苇《礼仪之争对中国经籍西传的影响》，刊《中国社会科学》（CSSCI），2003年第4期（2003.8.），页190-203。

吴莉苇：《文化掩盖下的权力——“礼仪之争”中的宗教修会冲突》，刊《世界历史》（CSSCI），2004年第3期（2004.5.），页91-100。

吴莉苇：《明清传教士中国上古史研究探源》，刊《中国史研究》（CSSCI），2004年第3期（2004.8.），页137-156。

吴莉苇：《从傅圣泽看耶稣会士接受中国经典的特点》，刊北京天主教与文化研究所编：《天主教研究论辑》第一辑，宗教文化出版社，2004年9月，页145-158。

吴莉苇：《比较研究中的陷阱——评劳拉·霍斯泰特勒的〈清朝殖民地事业〉》，刊《史学月刊》（CSSCI）2005年第6期（2005.6.），页83-92。中国人民大学书报资料中心“复印报刊资料”《历史学》2005年第12期全文转载，页25—35。

吴莉苇：《明清传教士对〈山海经〉的解读》，《中国历史地理论丛》（CSSCI），2005年第3辑（2005.7.），页117-126。

吴莉苇：《17—18世纪中国上古编年史与圣经编年史的冲突与调和》，北京天主教与文化研究所编：《天主教研究论辑》第二辑，宗教文化出版社2005年10月，页354—377。

吴莉苇：《试论文化交流中的误读与创造》，《清华大学学报》（哲社版）（CSSCI），2006年第2期（2006.3.），页63—70。

专著

张国刚、吴莉苇等著：《明清传教士与欧洲汉学》，中国社会科学出版社2001年5月，本人撰述内容：页32-226。

张国刚主编：《中国学术史》（撰写第八章），上海东方出版中心2002年7月，本人撰述内容：页558-623。

吴莉苇：《当诺亚方舟遭遇伏羲神农——启蒙时代欧洲的中国上古史论争》，“新生代学人文丛”，中国人民大学出版社2005年1月。

张国刚、吴莉苇：《中西文化关系史》（教材），高教出版社2006年5月。

张国刚、吴莉苇：《启蒙时代欧洲的中国观——一个历史的巡礼与反思》，上海古籍出版社2006年7月。

译文和译著

[美]范德（EdwardL.Farmer）著、吴莉苇译：《图绘明代中国：明代方志插图研究》（PicturingMingChina:AStudyofMingDynastyGazetteerIllustrations），刊张国刚主编：《中国社会历史评论》第2卷，天津古籍出版社2000年4月，页1-12。

[丹麦]李来福（LeifLittrup）著，吴莉苇译：《地方通史撰写的反思──以〈山东通史·明清卷〉为例》（ReflectionsonprovincialhistorywritingasexemplifiedintheMing-Qingvolumeofthe1994Shandongtongshi），刊张国刚主编：《中国社会历史评论》第2卷，天津古籍出版社2000年4月，页493-499。

[美]王国斌著，于丹、孙丽莹译，吴莉苇校：《中国之政治经济区》（ZonesofChinesePoliticalEcomomy），刊张国刚主编：《中国社会历史评论》第2卷，天津古籍出版社2000年4月，页247-254。

[美]孟德卫（D.E.Mungello）著，吴莉苇译：《中国礼仪之争研究概述》（AnIntroductiontoTheChineseRitesControversy），刊任继愈主编：《国际汉学》第五辑，大象出版社2000年6月，页203-216。

[日]黎德机（KurtW.Radtke）著，吴莉苇译：《全球化以外──20世纪中国的个人和社会》（BeyondGlobalisation.TheindividualandsocietyintwentiethcenturyChina），刊南开大学近代中国研究中心、南开大学历史学院编：《近代中国社会、政治与思潮》，天津人民出版社2000年12月，页151-166。

[美]费正清(JohnK.Fairbank)著、吴莉苇译：《新教传教士著作在中国文化史上的地位》，刊任继愈主编：《国际汉学》第九辑，大象出版社2003年9月，页119-131。

[美]余英时(YuYing-Shih)著、吴莉苇译：《中国史学思想反思》（‘ReflectiononChineseHistoricalThinking’,inWesternHistoricalThinking:AnInterculturalDebate,ed.byJornRusen,NewYork2002.），刊陈恒主编：《历史与当下》，上海三联书店2004年。

[德]柯拉妮（ClaudiavonCollani）著、吴莉苇译：《喀巴拉在中国》（‘CabbalainChina’,inRomanMalekedit,FromKaifeng…toShanghai:JewsinChina,Nettetal:2000），刊《清史译丛》，第三辑，中国人民大学出版社，伍安祖（On-choNg）著、吴莉苇译：《清代思想的张力：17-18世纪中国思想中的“历史决定论”》（‘ATensioninCh’ingThought:“Historicism”inSeventeenth-andEighteenth-CenturyChineseThought’,inJournaloftheHistoryofIdeas,Volume54,Issue4[Oct.,1993]），刊陈恒主编：《新史学》，第三辑，大象出版社2005年即刊。

[美]魏若望（JohnW.Witek）著、吴莉苇译：《耶稣会士傅圣泽神甫（1665-1741）传：索隐派思想在中国及欧洲》（ControversialIdeasinChinaandinEurope:ABiographyofJean-FrancoisFoucquet,S.J.，Rome，1982），40万字，国家清史编纂委员会“编译丛刊”项目，大象出版社2006年4月。