周仲瑛对多种急性外感热病、内科急难病证等有着研究和临床辨治经验。

周仲瑛在内科学体系上，提出了脏腑为内科疾病系统分类的基础，并据此编写出内科学总论—辨证施治纲要，对临床专业化起到了先导作用；在急症研究方面，他概括急症的基本病理特点为内外合邪、大实大虚、多脏同病，强调风火热毒等病理因素的作用，构建了中医内科急症学学术体系；在疑难病症研究方面，重视痰瘀火毒的致病作用，以病理因素为线索，以脏腑病机为核心，阐明虚实补泻、标本缓急、复合立法的具体应用及其相互关系，系统概括疑难病的病理特点和辨证施治规律。

截至2014年6月，周仲瑛已发表论文113篇，出版著作11部，其主要专著有《从瘀热论治内科难治病》《瘀热论》等。

截至2014年6月，周仲瑛已获得专利授权6项。

据2023年4月中国非物质文化遗产网显示，周仲瑛已主持国家级科研课题10项、部级6项、省级以上17项。

周仲瑛认为，中医经典常读常新，常悟常进，经典中所蕴含的基本理论、诊疗手段和思辨方具有重要的实用价值和科学价值，重视经典对中医传承具有重要意义。

周仲瑛心系中医药发展，并寄语中医药人才：疗效是中医药之本，中医药发展要以提高临床疗效为中心。作为一名中医，一定要通过多读中医经典、多学前人经验和多做临床实践，不断提高中医药临床疗效，让更多的患者真真切切地感受到中医药的独特优势。人才是中医药发展的关键，要让中医药人员特别是青年中医确立牢固的专业思想，加快中医人才培养，使中医后继有人，青出于蓝而胜于蓝。

周仲瑛对学生要求严格。作为中医的研究生，一定要有深厚的中医理论功底，要能够运用中医的理法方药分析和处理临床问题，要做到知常达变，学以致用。对于论文和科研，临床病历必须详细记录病人的真实情况，好亦录之，不好亦录之，决不能弄虚作假。

周仲瑛在南京中医药大学组建了中医急难症研究室；另创建了中医内科急症学科。

周仲瑛主持编写了《中医内科学》《中医内科急症学》等多部教材。

1988年，周仲瑛在中国率先开设了“中医内科急症学”课程。

截至2021年7月，周仲瑛已指导培养博士生29名、硕士生11名、博士后2名、学术继承人10名，带教各级师承弟子100余名，培养了大批中医栋梁之材，包括中国科学院院士1名、岐黄学者4名、省级名中医13名，如中医内科学家、中国科学院院士仝小林，南京中医药大学主任中医师叶放，时任南京中医药大学党委常委、副校长程海波，中国中医科学院西苑医院主任医师李柳等都是他的学生。

周仲瑛出身于中医世家，自幼跟随父亲周筱斋学习中医。

“周仲瑛医术精湛，学验俱丰，在中国国内外享有盛誉。”（中华中医药学会评）

“周仲瑛在中医高等教育教学、中医内科学科体系构建、临床诊疗与学术创新、人才培养等方面作出杰出贡献。”（《人民日报》评）

“周仲瑛大医精诚的风范在患者、在同仁、在学生的心里，永不褪色。”（《中国中医药报》评）

2014年7月，为迎接南京中医药大学60周年校庆，周仲瑛捐资在南京中医药大学设立周仲瑛奖学金，主要用于激励该校全日制本科中医、中药专业的品学兼优学生。奖学金每年设立20个名额，每人一次性奖励4000元。