呼伦贝尔日报社是正处级事业单位，内设正科级23个科室。汉文编辑部由三大中心（编辑中心、采访中心、考评中心）的八个部室（新闻研究室、要闻部、经济部、专刊部、时政部、社会活动部、摄影部、《读报》编辑部）组成，蒙文编辑部由六个部室（蒙文总编室、蒙文经济部、蒙文时事部、蒙文政文部、蒙文群工部、蒙文周末部）组成，其它部室有技术部、广告信息部、发行部、办公室、财务科、印务中心。在呼伦贝尔地区设有18个记者站。