1985年5月1日，北疆铁路由乌鲁木齐市乌西站向西动工修建。

1990年9月1日，北疆铁路全线竣工通车，呼图壁站建成启用。时属新疆维吾尔自治区北疆铁路公司管辖。

2001年9月15日，北疆铁路公司由新疆维吾尔自治区移交铁道部，呼图壁站属乌鲁木齐铁路局北疆铁路公司管辖。

2005年，全路裁撤铁路分局建制，实行站段直管，呼图壁站属乌鲁木齐铁路局奎屯车务段管辖，现为四等站。

因新疆的公路建设迅猛发展和铁路历次提速，呼图壁站现已没有客运列车停靠，停止了客运业务。

货运：办理整车货物发到。