自称为“狂妄的疯狂科学家”,至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的脑袋，开始出现了庞大的”负荷”……

2011年9月13日，《命运石之门》本篇于电视首播第24话完毕后，公布了制作剧场版的消息。负责原案的志仓千代丸亦在其Twitter透露有关制作展开，又强调剧场版的故事为原创，未在其他媒体上公开。