1960年到1962年，学院进行了分建和改建。学院炮兵工程系、装甲兵工程系等迁往黑龙江省外各院校。在这期间，1961年，学院被确定为全国重点大学。周恩来、朱德、邓小平、董必武、彭德怀、刘伯承、贺龙、陈毅、叶剑英等领导人及各总部、军兵种等50多位领导先后到学院视察和指导工作。

1966年4月，根据中央军委决定，“中国人民解放军军事工程学院”改名为“哈尔滨工程学院”，退出部队序列。

1970年8月31日至9月12日，筹建船舶工程学院座谈会在北京召开，会议对学院的性质、任务、规模、体制、专业设置等内容进行了明确。24日，六机部正式下发了筹建船舶学院的座谈会议纪要。经国务院、中央军委决定，哈尔滨工程学院海军工程系全建制及原军工其他各机关系部的部分干部教师调整归第六机械工业部（后为中国船舶工业总公司）领导，在“哈军工”原址组建哈尔滨船舶工程学院。航空工程系迁往西安，并入西北工业大学飞机工程系，现发展为西北工业大学航空学院。电子工程系、导弹工程系、计算机工程系、基础课部和院机关等部分迁往长沙，成立长沙工学院（现为国防科技大学）。1975年12月12日，学院举行第一届工农兵学员毕业典礼。

1976年3月，六机部下发文件《关于下达哈尔滨船舶工程学院设计任务的通知》（“扩初计划”）。强调学院要“为发展我国造船工业和建设强大的海军作出新的贡献”，哈船院正式进入规划和建设阶段。1978年，哈尔滨船舶工程学院被国家教委确定为全国88所重点高等学校之一。

1981年，学院船舶流体力学学科、水声工程专业首批获得博士学位授予权；船舶结构力学、船舶流体力学、热力学、水声工程、陀螺导航设备、反应堆工程等6个学科、专业获得首批硕士学位授予权。

1986年10月10日，学院图书馆开工建设（现理学楼）。1990年9月，哈尔滨船舶工程学院签定“8A4”水下机器人研制合同，成为4个承担研制单位之一。这个项目不仅提高了学院声誉，还培养出一批人才，使其学科建设迈进一大步。

1994年4月，经国家教委批准，哈尔滨船舶工程学院更名为哈尔滨工程大学。1995年12月11日，由中国船舶工业总公司对学校进行的“211工程”部门预审会在图书馆举行。1996年9月，学校通过 “211工程”预审，成为国家“211工程”的首批建设学校。

1997年1月27日，哈尔滨工程大学水声国防重点实验室正式通过国家验收。该实验室是该校第一个国家级重点实验室。2001年7月12日，学校与海军签订依托培养军队干部协议，开始国防生生的培养工作，学校成为海军在东北地区第一家选拔培养后备军官的试点单位。

2002年，教育部批准试办研究生院。同年，科技部教育部批准启动建设“国家大学科技园”。国防科工委、黑龙江省政府确定实施重点共建。2003年，学校研究生院正式挂牌。2005年12月12日，哈尔滨工程大学核科学与技术学院成立，是国内高校第一个核科学与技术学院。2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。同年，教育部批准学校为可以接收外国留学生的“中国政府奖学金”项目院校。2007年6月8日，国防科工委、教育部、黑龙江省人民政府、海军正式签署协议，十一五期间共同建设哈尔滨工程大学。

2008年，学校划归工业和信息化部管理。同年，被教育部批准成为第二批国家大学生创新性实验计划的实施单位。2010年，学校跻身国家“优势学科平台”建设高校。同年6月，被批准为教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”实施高校。2011年，成为国家“985工程”优势学科创新平台项目建设高校。同年，与哈尔滨工业大学、北京航空航天大学等高校成立中俄工科大学联盟。2012年9月，首批入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校。2014年，哈尔滨工程大学哈军工文化园景区被评定为国家3A级旅游景区，是黑龙江省高校首个国家级旅游景区。

2017年1月，被教育部认定为全国首批深化创新创业教育改革示范高校。哈军工纪念馆入选国家第三批国防教育示范基地。7月，被教育部评为全国创新创业典型经验高校。9月，入选国家首批“双一流”建设高校。12月，入选全国高校实践育人创新创业基地。同年，成为工业和信息化部高校联盟牵头单位。

2018年3月，学校入选教育部首批“国家级新工科研究与实践项目”。同年，海洋局、工业和信息化部正式签署协议，就共同支持哈尔滨工程大学改革发展和“双一流”建设达成协议，支持学校“双一流”建设、加强科研平台和条件能力建设、建设海洋领域国家实验室等。

2019年，成为工业和信息化部、教育部、黑龙江省人民政府、哈尔滨市人民政府共建高校。2020年5月，哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院成立。9月11日，哈尔滨工程大学烟台研究(生)院2020级新生开学典礼暨院区启动仪式在海工楼举行。10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。12月24日，学校南海创新发展基地揭牌，开展校地、校企、校校合作，人才联合培养，研究生入学筹备等各项工作。

2021年，成立未来技术学院。同年，建设青岛创新发展基地。5月16日，学校成为“全国高等军工院校课程思政联盟”首批会员单位之一。2022年2月，被列入第二轮“双一流”建设高校名单，“船舶与海洋工程”为双一流建设学科。2023年8月31日，学校校史馆正式开馆，并举行开馆仪式。9月，入选第二批国家卓越工程师学院建设高校名单。9月7日，国家主席习近平来到哈尔滨工程大学视察。10月9日，哈尔滨工程大学国家卓越工程师学院成立大会举行。

2024年6月20日，哈尔滨工程大学计算机学科发展战略咨询委员会成立。10月25日，哈尔滨工程大学召开区域国别前沿交叉与中国式现代化研讨会暨区域国别学前沿交叉研究中心成立大会。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学设有23家教学科研单位，本科招生专业43个。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学有一级学科博士学位授权点15个，一级学科硕士学位授权点32个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别11个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个。国家一级、二级重点学科各1个，黑龙江省重点学科12个。船舶与海洋工程为双一流建设学科，并在第四轮学科评估中获得A+等级。学校工程学、材料科学、计算机科学、化学、环境/生态学、物理学6个学科进入ESI前1%，其中工程学进入世界前1‰。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学学校有教职工3027人，其中专任教师1955人，具有高级专业技术职务的专任教师1314人。教师队伍中有院士6人（含双聘），“全国创新争先奖”获得者3人，各类国家级人才149人次，各类省部级人才120人次；“龙江学者”支持计划入选者24人。黑龙江省领军人才梯队8个。学校教师获评“全国教书育人楷模”“全国先进工作者”，1支团队获评中国青年五四奖章集体，3支团队入选“全国高校黄大年式教师团队”。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学国家级一流本科专业建设点33个，卓越工程师教育培养计划专业7个，通过工程教育专业认证的专业18个。教育部特色专业7个，4个专业入选国家级专业综合改革试点项目。具有11门国家级课程。学校具有国家级电工电子教学基地1个，国家级实验教学示范中心7个，国家级虚拟仿真实验教学中心3个，国家大学生文化素质教育基地1个，国家级创新创业教育实践基地1个，国家工程专业学位研究生联合培养示范基地2个，教育部国别和区域研究中心1个，全国首批教育部-华为“智能基座”产教融合协同育人基地1个，国家级虚拟教研室建设试点5个。学校哈军工纪念馆入选全国爱国主义教育示范基地，全国首批科学家精神教育基地、首批“大思政课”实践教学基地。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学学生获评“最美大学生”“中国大学生年度人物”，9人荣获“中国大学生年度人物”提名奖及入围奖。学生获得国际级、国家级创新创业大赛重要奖项逾千项。其中，“E唯”代表队连续两年获国际水下机器人大赛冠军；学生团队获“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖3项。学校获中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛先进集体奖，“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛优胜杯，“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛优胜杯。“E唯”机器人创新团队、“创翼”创新团队获全国大学生“小平科技创新团队”，6名学生获“中国青少年科技创新奖”。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学设有40多个科研机构以及150多个科研和教学实验室，其中全国重点实验室6个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程研究中心1个，国家级国际科技合作基地3个，国际联合实验室16个，前沿科学中心1个，工业和信息化部重点实验室18个，教育部重点实验室及工程研究中心9个，教育部国别和区域研究中心1个；有教育部创新团队2个，科技部创新人才推进计划重点领域创新团队2个。

截至2024年4月，哈尔滨工程大学取得多项科研成果。学校曾先后研发中国第七代超深水半潜式钻井平台、两万箱超大型集装箱船、智能船舶等多项重要科研成果，为三体搜救艇、万吨集装箱船等多项国家高新技术船型及深海工程装备研发提供技术支撑。“十三五”以来，承担各类项目8200余项，获得省部级以上科技奖励170余项。

截至2023年底，哈尔滨工程大学图书馆位于校园东部，建筑面积5万平方米；图书馆内图书总量765.81万册，其中印刷型图书282.62万册。订购SCI、EI、Elsevier、Springer、Wiley、IEL、CNKI等中外文数据库131个，中外文全文电子期刊8.09万种，中外文电子图书483.19万册，中外文电子版学位论文1695.6万余篇。

《哈尔滨工程大学学报》创刊于1980年，由工业和信息化部主管、哈尔滨工程大学主办，是国内外公开发行的理工科综合性学术期刊，为月刊。该刊曾荣获教育部“中国高校精品科技期刊奖”、黑龙江省政府“优秀期刊奖”等多项荣誉。是中文核心期刊、中国科技核心期刊，并被中国科学引文数据库（CSCD）、美国《工程索引》（Ei Compendex）等重要数据库收录。

《Journal of Marine Science and Application》（船舶与海洋工程学报），2002年创刊，是中国造船工程学会唯一英文会刊，由哈尔滨工程大学和中国造船工程学会联合主办，并与国际出版集团Springer联合出版发行，为季刊。该刊曾获教育部“中国高校特色科技期刊奖”和中国造船工程学会“优秀科技期刊”等多项荣誉。是中国科技核心期刊，并被中国科学引文数据库（CSCD）、荷兰Scopus等重要数据库收录。

《智能系统学报》，2006年创刊，是中国人工智能学会会刊，由中国人工智能学会和哈尔滨工程大学联合主办，是双月刊。该刊曾荣获工业和信息化部“优秀科技期刊奖”、教育部“中国高校特色科技期刊奖”等多项荣誉，5次获得国家自然科学基金资助，是中文核心期刊、中国科技核心期刊，并被中国科学引文数据库（CSCD）、英国INSPEC等重要数据库收录。

《应用科技》，1974年创刊，由工业和信息化部主管，哈尔滨工程大学主办，是双月刊。期刊曾荣获教育部“中国高校特色科技期刊奖”、“黑龙江省十大科技精品期刊”等多项荣誉。该刊现为中国科技核心期刊，并已被美国剑桥科学文摘（CSA）、中国学术期刊综合评价等重要数据库收录。

截至2024年4月，学校与亚洲、欧洲、美洲、大洋洲等30余个国家130余所大学和研究机构建立了良好稳定的合作关系。学校与英国南安普顿大学联合成立“哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院”，是教育部批准的中英首个船海特色合作办学机构；与包括澳大利亚悉尼大学、葡萄牙里斯本大学在内的18个国家及地区43所高校建立了学生联合培养和交流交换项目；与乌克兰国立南方师范大学联合成立“孔子学院”，荣获全球“先进孔子学院”称号。学校是“中国政府原子能奖学金”项目、“中国政府海洋奖学金”项目、“居里夫人奖学金”项目委托培养单位，获中国高等教育学会“全国来华留学工作先进集体”称号。学校牵头成立国际船舶与海洋工程创新与合作组织（简称ICNAME），是“北极大学联盟”“中巴经济走廊大学联盟”“金砖国家大学联盟”成员单位。

哈尔滨工程大学校名中文标准字体是毛泽东手书体，英文标准字体是英文黑体。

哈尔滨工程大学校徽于2003年4月11日定稿，由学校中文名称、英文名称、“31号教学大楼”图案和建校时间“1953”字样组成。校徽由3种不同色阶的蓝色围成一个整体的圆形，蓝色由中心向外由浅变深，中文名称“哈尔滨工程大学”采用毛体字。校徽表面的图案——标志性建筑“31号教学大楼”和建校时间“1953”字样以背光形成光环效果。

2005年1月13日，经哈尔滨工程大学教代会常设主席团全体会议讨论并一致通过，校旗终选方案正式确定。校旗以象征学校办学特色的蓝色为底色，由蓝色旗面（蓝色色谱为C100，M98，Y17，K0）和反白校徽、校名组成，分为持旗、挂旗、串旗、桌旗，作为学校重要标示在校园相关场所、场合和对外交往中使用。

2005年1月13日，哈尔滨工程大学确定校训为“大工至善，大学至真”。校训仿“大道至简”“大医至爱”的句式结构，嵌有毛泽东主席为该校前身——哈军工校报的题词“工学”二字。校训中“大”“至”，意为极致，“善”“真”，意为所要达到最高境界。“工”意为工程、工作，“学”意为学问、学习，校训的含义为“事理在于求善，学理在于求真”。校训的中文标准字体是魏碑体。

2006年4月4日，哈尔滨工程大学校歌确定为《哈尔滨工程大学校歌》。校歌由海政歌舞团王持久作词、刘可欣作曲。校歌歌词用词简练，其中，“军工”“军号”等意象，点明学校特色。主歌第一段表达学校历程和培育的栋梁；第二段反映学子们远大胸怀和对学校热爱之情。副歌展现了学子们献身海防的勇气和决心。校歌带有进行曲风格，主歌部分旋律流畅，副歌部分从小调转入大调，唱出校训进入高潮部分，最后以铿锵有力的节奏结束全曲。

哈尔滨工程大学校风为“忠诚、坚韧、团结、创新”。

哈尔滨工程大学的教风为“治学严谨、组织严密、要求严格”。

哈尔滨工程大学的学风为“严谨、求实、勤奋、创新”。

截至2023年12月，哈尔滨工程大学具有化工俱乐部、绿色协会、轮滑社、排球协会、吉他协会、弈秋棋社等93个学生社团，知行微思工作室、易班发展中心工作站、图宣工作室、工学记者团等14个学生自管团体，以及大学生书法研习社、“飞鹭”舞蹈团、“爱乐”钢琴团、息兮古筝团、海之韵合唱团等15个学生艺术团体。校内社团种类丰富，包括思想政治类、学术科学类、创新创业类、文化体育类、志愿公益类、自律互助类及其他类七种类型，涉及到文体、科技、人文社科、公益等多个方面。具有英语俱乐部的英语话剧大赛、创翼科技社的极速挑战大赛、棋类协会的棋王争霸赛、绿色协会的“绿色小超人”宣教活动、感官世界魔术社的“魔法之门”魔术表演会等社团活动。2023年10月，哈尔滨工程大学在奥列霍夫广场开展社团活动，举办舞蹈、音乐、相声、戏曲等节目不定期“快闪”活动。

哈尔滨工程大学位于黑龙江省哈尔滨市南岗区南通大街145号。学校占地面积140.05万平方米，建筑面积119.22万平方米。校园建筑中西合璧，飞檐碧瓦。

11号教学楼是哈尔滨工程大学内最为古典的教学楼之一，内部呈“日”字结构，共六层，建筑总面积4.7万平方米，是哈工程从哈军工继承的五座大楼中的一座——空军工程系系楼，也是哈军工时期五座大楼中规模最大的一个。11号楼为仿中国传统风格建筑，屋脊上设有一只回头望月的老虎。猛虎昂首翘尾，仰天长啸。挑檐上装饰着一个骑马的将军引领五架飞机的小雕像。该楼抗震度、强度、抗暴度与抗洪水度较强。

31号楼位于哈尔滨工程大学内北海路附近，是哈尔滨工程大学教学科研区的标志性建筑，也是核学院等单位的所在地。哈军工时期，这座楼原为海军工程系教学大楼，其门檐上悬挂着由聂荣臻元帅提写的“哈尔滨船舶工程学院”牌匾。31号楼前坐落着第一任校长——陈赓的铜像，铜像坐北朝南，高5米；底座高2.4米，底座正面刻有“陈赓”和“1903—1961”字样，北面刻有陈赓院长的生平简历。陈赓铜像选取了他双手背在身后，表情略带微笑的样子。

军工操场位于哈尔滨工程大学于31号楼南面，是中国最大的校园操场。整个操场周长1080米，由3个标准化足球场、几十个篮球场和数十个网球场组成，是学生体育活动的主要场所。每年冬天，军工操场会制成溜冰场，对全校师生开放。

奥列霍夫广场位于校园中部，广场中树立着奥列霍夫铜像，总面积约20000㎡，以此来纪念为哈军工的建设做出了贡献、曾任陈赓院长的顾问及苏联顾问团首席顾问瓦•伊•奥列霍夫同志。

哈尔滨工程大学自建校以来，为国家培养了近15万名各类高级专门人才，其中包括200多名共和国的将军、部长、省长、院士，近万名高等院校、科研院所、大中型企业的技术领军和高级管理人才。