哈巴雪山最高点是哈巴雪山主峰，海拔5396米，附近海拔超过4500米的高峰有10余座。保护区高差悬殊，地势起伏很大。最低点位于东北部江边村白马厂金沙江谷底，海拔1550米，与哈巴雪山主峰之间的相对高度为3846米。东部边界的金沙江虎跳峡谷底，海拔约1550~1800米。

哈巴雪山在大地构造位置上，位于扬子准地台与松潘-甘孜褶皱系2个一级大地构造单元结合部位靠东一侧，属扬子准地台西缘“盐源—丽江台缘拗陷”。地质构造以近南北向的印支期褶皱和断裂为主，并叠加了北西向和东北向喜山期褶皱和断裂，总体呈现断块构造格局。主要地质构造有熏洞深断裂、哈巴雪山西断裂、哈巴雪山东断裂、哈巴雪山背斜、核桃园背斜、大深沟向斜等。

哈巴雪山保护区断裂发育，沿断裂带附近，发育有大量的断层崖、断层三角面、断层谷等构造地貌形态。雪线以上的高山地区发育有现代海洋性冰川、永久积雪和相应的现代山岳冰川地貌。在雪线以下至树线附近，冰缘作用强烈，发育有大面积的季节性冻土和永久性冻土，以及石海、石河、石带、热融滑塌和岩屑堆等冻土地貌。哈巴雪山自然保护区第四纪先后经历了云杉坪（或金江）冰期、丽江冰期和大理冰期，形成保留有典型而完整的冰斗、刃脊、角峰、冰川槽谷、冰碛丘陵、终碛垄等第四纪冰川地貌遗迹。

哈巴雪山保护区受纬度、地形和南亚季风环流的综合影响，表现出典型的低纬高原季风气候、山地垂直气候和干暖河谷气候特点。夏秋季节受西南暖湿气流控制，温度较高，降水多，雨热同季；冬春季节主要受南支西风急流影响，偶尔受偏北干冷气流控制，气温低，降水少，干冷同季。

哈巴雪山保护区基带（西坡海拔范围2000米以下，东坡1800~2100米）气候类型为北亚热带低纬高原季风气候，具有干湿季分明，气温日较差大，年较差小等特点。以海拔1860米的下桥头为代表，年均温14.5℃，最冷月（1月）均温6.7℃，最热月（7月）均温20.9℃，年较差14.2℃，日均温稳定通过10.0℃的日数257天，≥10℃的积温4414.2℃。年平均降水量738.1毫米，雨季（5~10月）降水量674.9毫米，占全年的91.4％，干季（11~4月）降水量63.2毫米，仅占全年的8.6％。

哈巴雪山保护区气候垂直分异显著，从金沙江河谷到哈巴雪山主峰，依次发育有河谷中亚热带、山地北亚热带、山地暖温带、山地中温带、山地寒温带、高山寒带、高山冰雪带等气候类型，拥有该纬度带完整的山地气候垂直带谱。从金沙江河谷到哈巴雪山主峰，年平均气温从约16.5℃降至约－8.6℃，最热月（7月）均温从约23.0℃降至约2.7℃，最冷月（1月）均温从约8.5℃降至约-19.8℃，年降水量从526毫米左右增到1500~1600毫米左右。

哈巴雪山保护区河流有金沙江（虎跳峡河段）及其支流哈巴河、硕多岗河支流海巴洛河、大岩房河、大深沟等河流，具有典型的山区性河道和季风性河流水文特征。

哈巴雪山海拔5000米以上的山顶、山脊地区发育有现代海洋性冰川，覆盖有永久积雪。哈巴雪山第四纪历次冰期的冰川作用形成了许多冰斗、冰蚀洼地，部分冰蚀湖泊。主要分布在3900~4300米的古夷平面，数量较多，但面积都很小，典型者有湾海、黑海、黄海、小海等，其中湾海面积最大，为25.1公顷，黑海3.6公顷，黄海1.8公顷。

哈巴雪山地下水有松散岩类孔隙水、基岩裂隙水、碳酸盐岩岩溶水3种基本类型，其富水性、地下径流模数和泉流量等因影响因素不同而存在较大差异，水化学类型以HCO3-Ca型或HCO3-Mg·Ca型为主。地下水多以接触泉水的形式沿砂、泥岩界面出露，冷泉泉眼较多，主要分布于断裂带附近和裂隙发育处，或沟谷及坡脚的残坡积层中。流量不一，雨季多于旱季。其中较大泉眼有龙王边等10余处，均属下降泉。

根据现场调查，项目所处区域的主要地表水体为哈巴色吉河，位于项目北面350米，该河流为金沙江左岸一级支流，位于香格里拉市三坝乡哈巴村境内，发源于哈巴雪山北麓，河长16.3千米。

哈巴雪山自然保护区成土环境条件复杂，发育铁铝土、淋溶土、半淋溶土、初育土、高山土、水成土6个土纲，燥红土、红壤、黄棕壤、棕壤、暗棕壤、棕色针叶林土、亚高山草甸土、高山寒漠土、紫色土、石灰土、沼泽土等11个土类。海拔从低到高，依次分布燥红土带（1550~1750米）、红壤带（1750~2500米）、黄棕壤带（2500~2800米）、棕壤带（2800~3200米）、暗棕壤带（3200~3600米）、棕色针叶林土（3600~4000米）、亚高山草甸土带（3600~4300米）、高山寒漠土带（4300~4700米）等8个土壤垂直带。

根据《云南植被》的植物区系分区，哈巴雪山自然保护区的植物区系处于中国-喜马拉雅森林植物亚区中的滇西、滇西北横断山脉小区按照《云南植被》区划系统，保护区范围处于亚热带常绿阔叶林区域的西北部，与青藏高原高寒植被区域相接。属亚热带常绿阔叶林区域向青藏高原高寒植被区域的过渡地带。《云南植被》将该区域划为亚热带常绿阔叶林区域中的滇中西北部高中山高原云南松林、云、冷杉林亚区，但从保护区的植被垂直分布上分析，更体现了青藏高原高寒植被区域中青藏高原东南缘寒温性针叶林、草甸地带的特征。

本亚区处于滇中高原北与青藏高原东南边缘间，总的地势由西北向东南倾斜。云南松林在该亚区山地分布很广，其海拔上限可达3200米左右境内的玉龙雪山和哈巴雪山均为海拔5000米以上的高峰，雄峙在金沙江的虎跳峡两侧。这两座极高山地发育了极为发达的植被垂直系列，从山麓的亚热带基带类型直到高山冻荒漠植被均有出现。

哈巴雪山保护区以主峰高达5396米的极高山为主体东南坡延伸至金沙江下虎跳东部1600米的谷底相对高差3796米。哈巴雪山因巨大的海拔高低差异，形成了明显的高山垂直性气候，依次分布着亚热带、温带、寒温带、寒带等气候带，这种气候又孕育了垂直带状分布的生态系列，保存有完整典型的高山垂直植被系统。

哈巴雪山自然保护区植被可划分为7个植被型（含1个人工植被型）、13个植被亚型（含2个人工植被亚型）、28个群系（含2个人工群系）、30个天然植被群落。

哈巴雪山海拔在4400米以上的山峰有8个，最高主峰海拔5396米，最低点则位于金沙河谷，海拔1550米，与主峰之间的相对高差为3846米。

哈巴雪山所在保护区记录到陆生野生脊椎动物315种。

保护区记录到哺乳动物102种，隶属于9目、31科、72属。主要是由啮齿目7科22属32种、食肉目7科19属21种、食虫目3科12属17种和翼手目（Chiroptera）5科7属15种组成；较大的科仅鼠科（Muridae）8属14种和鼩鼱科（Soricidae）8属13种，其它均在6种以下；最大属-菊头蝠属（Rhinolophus）也只有6种，更多是以单属种形式出现（54属）。

包括欧亚及北美温带至寒带分布型、热带亚洲、非洲至旧大陆温带分布型、旧大陆温带分布型、亚洲热带至温带分布型、东亚分布型（含12亚类）、热带亚洲（印度-马来亚）分布型（含5亚类）及特有分布型（含横断山特有及云贵川特有两亚类）。

列入国家重点保护野生动物名录及国际贸易公约（CITES）附录I和II的珍稀濒危哺乳动物有23种，占哈巴雪山哺乳动物物种数的23.23%。其中国家I级重点保护野生动物有云豹、林麝、喜马拉雅麝等3种，国家II级保护动物有猕猴、中国穿山甲、豺、黑熊、棕熊、小熊猫、石貂、黄喉貂、水獭、大灵猫、小灵猫、斑灵狸、猞猁、水鹿、中华鬣羚、川西斑羚、岩羊等17种；被列入CITES附录I的有云豹、黑熊、小熊猫、水獭、斑灵狸、中华鬣羚、川西斑羚等7种，CIITES附录II收录的有北树鼩、猕猴、中国穿山甲、狼、豺、棕熊、豹猫、林麝等8种。

北树鼩与豹猫为常见种，猕猴在倒角坪等干扰程度较少的地区常可见。小熊猫在倒角坪等地的竹林中亦可见到成对的个体在活动。黑熊在中高山合适栖息地中为易遇见物种，且有时也会来到农田，但更多发现还是其活动后遗留下的痕迹（如：粪便、足迹及糟蹋庄稼后的痕迹等）。斑灵狸、中华鬣羚、川西斑羚在其合适栖息地亦为较常见物种，包括遗留下的痕迹；其它在合适栖息地偶尔可发现粪便、足迹的物种有：大灵猫、小灵猫、猞猁、矮岩羊等为稀有物种。此外，在本地区豺、狼为偶见物种；云豹、林麝、喜马拉雅麝为稀有物种，而中国穿山甲则有可能已灭绝。

特有种22种，包括横断山区特有种20种—鼩猬（Neotetracussinensis）、纹背鼩鼱（Sorex cylindricauda）、云南鼩鼱（Sorex excelsus）、狭颅黑齿鼩鼱（Blarinella wardi）、云南缺齿鼩鼱（Chodsigoa parca）、长吻鼩鼹（Nasillus gracilis）、长尾鼩鼹（Scaptonyx fusicaudus）、灰鼯鼠（Petaurista xanthotis）、四川林跳鼠（Eozapus setchuanus）、大耳姬鼠（Apodemus latronum）、安氏白腹鼠（Niviventer andersoni）、川西白腹鼠（Niviventerexcelsior）、大绒鼠（Eothenomys miletus）、西南绒鼠（Eothenomys custos）、云南松田鼠（Neodon forresti）、克氏田鼠（Volemys clarkei）、滇攀鼠（Vernaya fulva）、澜沧江姬鼠（Apodemus ilex）、灰鼠兔（Ochotona gloveri）、川西鼠兔（Ochotona gloveri）。

另有云、贵、川特有种2种——白喉岩松鼠（Sciurotamias forresti）和高山姬鼠（Apodemys chevrieri）。

哈巴雪山所在保护区记录鸟类186种，隶属11目，32科。约占云南省记录的19目、69科、848种鸟类的57.9%、46.4%和21.9%，占全国鸟类种数1329种的14.0%。这显示其鸟类物种多样性丰富度较高。

留鸟计140种，占所录鸟类的75.3%。区系成分以东洋界物种为主，计107种，占繁殖鸟类总种数的62.6%。并有42种广布于东洋界和古北界的广布种记录，占保护区记录鸟类的24.56%。这表明，本区处于东洋界向古北界的过渡地带，具有适生于两大动物界的鸟类分布较多的特点。保护区鸟类以喜马拉雅–横断山型最具优势，计70种，占保护区记录鸟类种数的37.63%。保护区鸟类种类以画眉亚科（Timaliinae）鸟类、鸡形目（Galliformes）鸟类、鸦科（Corvidae）和山雀科（Paridae）鸟类居多。长尾山椒鸟（Pericrocotus ethologus）、大噪鹛（Garrulax maximus）、棕肛凤鹛（Yuhinaoccipitalis）、黑冠山雀（Parus rubidiventris）等10种鸟类数量占优，占保护区记录鸟类数量的5.38%；白鹡鸰（Motacilla alba）、星鸦（Nucifragacaryocatactes）、黑头奇鹛（Heterophasia melanoleuca）、白领凤鹛等14种较为常见；山斑鸠（Streptopelia orientalis）、小杜鹃（Cuculuspoliocephalus）、黑鹎（Hypsipetesmadagascariensis）、北红尾鸲（Phoenicurusauroreus）等31种为普通种；其余130种在该保护区稀有或罕见。

国家重点保护野生动物有18种，占保护区鸟类种数的9.68%。其中Ⅰ级重点保护种类1种，Ⅱ级重点保护种类17种。

《华盛顿公约》（CITES）附录Ⅰ的1种——白马鸡（Crossoptilon crossoptilon）；附录Ⅱ11种——雀鹰（Accipiternisus）、松雀鹰（Accipiter virgatus）、大鵟（Buteo hemilasius）、普通鵟（Buteo buteo）、毛脚鵟（Buteo lagopus）、蛇鵰（Spilornis cheela）、红隼（Falco tinnunculus）、血雉（Ithaginiscruentus）、大紫胸鹦鹉（Psittacula derbiana）、斑头鸺鹠（Glaucidium cuculoides）、灰林鸮（Strixaluco）。

中国特有鸟类14种：血雉（Ithaginis cruentus）、白马鸡、白腹锦鸡（Chrysolophus amherstiae）、大紫胸鹦鹉、金胸歌鸲（Lusciniapectardens）、大噪鹛（Garrulax maximus）、橙翅噪鹛（G. elliotii）、高山雀鹛（Alcippestriaticollis）、白领凤鹛（Yuhina diademata）、褐翅缘鸦雀（Paradoxornis brunneus）、棕腹大仙鹟（Niltavadavidi）、滇鳾（Sitta yunnanensis）、酒红朱雀（Carpodacus vinaceus）、曙红朱雀（C. eos），占保护区鸟类种数的7.53%。未记录到仅分布于哈巴雪山保护区的鸟类。

哈巴雪山所在保护区分布27种两栖爬行动物。其中，两栖动物12种，隶属于2目5科8属；爬行动物15种，隶属于2目5科10属。

物种组主要是西南地区的成分，除了一些物种为本地区特有外，只有少量古北界的物种渗透。高海拔类群的种类-角蟾类（Megophryiidae）共有3种、耐旱陆栖为主的种类-蟾蜍类（Bufoniidae）和活动性强的种类-蛙类（Raniidae）等类群。另外，保护区边缘性分布的物种多，如西藏蟾蜍（Bofu tibetanus）、腹斑倭蛙（Nanoranaventripunctata）等为其分布范围的南缘；在区内的蛇类如多疣壁虎（Gekkojaponicus）、蜓蜥（Sphenomorpusindicus）等基本为其分布区的西北端。

特有性比较突出。本区特有的物种包括乡城齿蟾（Oreolalaxx. xiangchengensis）、胸腺齿突蟾（Scutigerglandulatus）、刺胸齿突蟾（Scutiger mammatus）、腹斑倭蛙、金江湍蛙（Amolopsjinjiangensis）、雪山蝮（Gloydiusmonticola）、乡城烙铁头（Trimeresurusxiangchengensis）等8种；横断山区或青藏高原—横断山区特有种6种（亚种），包括山溪鲵、胫腺蛙（Rana shuchinae）、草绿龙蜥、斜鳞蛇中华亚种、雪山蝮等；属于西南区的物种有华西蟾蜍（Bufo andrewsi）、昭觉林蛙（Ranachaochiaoensis）、无指盘臭蛙（Ranagrahami）、山滑蜥、蜓蜥、缅甸颈槽蛇等6种；属华南区—西南区共有的物种如多疣壁虎、斜鳞蛇、黑线乌梢蛇等3种。

哈巴雪山自然保护区记载维管植物126科437属1125种，其中蕨类植物22科42属101种，裸子植物4科9属23种，被子植物100科386属1001种。保护区特有种6种，滇西北特有种62种。国家Ⅰ级重点保护野生植物有玉龙蕨（Sorolepidium glaciale）、喜马拉雅红豆杉（Taxuswallichiana）2种，国家Ⅱ级重点保护野生植物有金荞麦（Fagopyrumdibotry）、金铁锁（Psammosilenetunicoides）、油麦吊云杉（Picea brachytyl var.complanata）、丁茜（Trailliaedoxagracilis）、松口蘑（Tricholoma matsutake）等5种。此外，保护区还分布有大量具有观赏、食用和药用等价值的资源植物。

哈巴雪山自然保护区394属种子植物分属于15个类型和19个变型。显示了本区种子植物区系在属级水平上的地理成分的复杂性，以及同世界其它地区植物区系的广泛联系。同时，保护区温带性质的属有246属，占全部属数的62.4%。这表明由于保护区所处的纬度较高，其区系总体上是属于温带性质，但是又因其靠近金沙江河谷，使得一些热带成分得以在此繁衍、发展，并成为该地种子植物区系的重要组成部分。

哈巴雪山自然保护区现已发现大型真菌298种，其中重要的食用菌有20种、药用菌有10种、毒菌有15种。该区大型真菌资源丰富，既有大量北温带成分，也有东亚成分和中国的特有成分，特别是西南亚高山的特有成分如李逵鹅膏（Amanita liquii）、喜山丝膜菌（Cortinariusemodensis）、四川地锤（Cudonia sichuanensis）、肉球菌（Engleromycesgoetzii）、半球外担菌（Exobasidium hemisphaericum）、洱源枝瑚菌（Ramariaeryuanensis）等。据野外考察发现，该区有不少特殊的真菌新种，具有重要的科研和保护价值。

哈巴雪山垂直带谱号观十分发育，海拔4000米以上为雪原冰漠带，其北坡和西坡，刃脊、角峰和冰斗平行排列，气势磅礴。冰峰脚下是流石滩景观:位于海拔3000~4000米地带，地势起伏和缓，有许多冰川作用形成的湖泊，总共有110多个，最大者0.3平方千米，以黑海、海、黄海、双海风景最为秀丽。黑海水色如墨。

1984年4月，建立哈巴雪山自然保护区。

主要保护对象为寒温性针叶林生态系统、亚高山高山草甸生态系统、高山垂直自然带景观、现代海洋性冰川和永久积雪、第四纪古冰川遗迹、高山峡谷景观等，属于自然生态系统类别森林生态系统类型的中型保护区。

哈巴雪山所在横断山脉位于青藏高原东南缘，属气候敏感区，在气候变化研究中具有重要地位。已有学者在该区域进行了大量树木年轮学研究，如，Fan Zexin等利用横断山区海拔上限麦吊云杉树轮宽度资料重建了过去250年该区域年平均温度，Li Zongshan等利用白马雪山长苞冷杉树轮宽度资料重建了过去近300年来的夏季平均温度。滇西北海拔上限大果红杉（Larix polanninii）径向生长主要受生长季初期光热条件影响；低海拔丽江云杉（Picea likiangensis）主要受生长季初期干旱制约，而高海拔树木生长主要受7月温度影响。哈巴雪山是横断山区中段的一座典型雪山，有学者对该区域植物多样性和植物群落结构沿海拔梯度变化进行了研究。

哈巴雪山位于横断山脉腹地，对横断山脉的研究颇多，确认横断山脉保存着第四纪以来至少四次冰期的冰川作用，而对玉龙雪山的冰川作用，不同学者意见不完全一致。所以研究哈巴雪山第四纪冰川遗迹并恢复古冰川作用历史显得尤为重要，不仅可以用作玉龙雪山冰期系列的对比，为确认玉龙雪山冰期系列提供科学依据，而且还补充了横断山脉第四纪冰川、发育的气候与环境背景，对探讨冰川发育机制——气候和构造的耦合关系有着重要的意义。

哈巴雪山保护区涉及虎跳峡和三坝2个乡镇、5个行政村（长胜、永胜、东坡、哈巴和江边）、69个村民小组，共2221户。虎跳峡镇居住有彝、汉、傈僳、藏等9个民族，少数民族人口占82％ 。三坝乡居住有纳西、彝、回等11个民族，纳西族占62％ 。村庄多分布于金沙江西岸、哈巴河中游、属多岗河及其支流哈巴洛河两岸。

2007年底，周边社区总人口9937人，其中少数民族占64.6％，汉族占35.4％，均为农业人口。农村劳动力6303人，占总人口63.4％。

哈巴雪山保护区虎跳峡镇和三坝乡均为农业乡镇，土地以旱地为主，主要种植土豆、玉米等农作物。畜牧业为重要产业，以放养为主。哈巴雪山保护区有4家矿产企业。区内已经开发了虎跳峡景区，白水台景区和哈巴雪山景区，哈巴雪山登顶游、黑海游等旅游活动。

交通落后，有2条公路与区外沟通，一条是214国道，另一条是从保护区内穿过的香格里拉县东环线旅游公路。