二十世纪最后的夏天。那一天人类第一次知晓，自己并非地球唯一的支配者。

地球上出现了巨大生物“怪兽”和能够驱逐怪兽的强大的存在——“哥斯拉”。和怪兽的战斗持续了半个世纪，人类不断失败和逃亡，最终不得已实施了逃离地球的计划。2048年，由中央政府管理下的人工智能筛选出的人类搭乘恒星移民船“阿拉特拉姆”号向11.9光年外的“鲸鱼座塔e星”前进。但是，历经长达20年的旅程终于到达的塔e星与地球的环境比预计的还要恶劣，并不适合人类的存续。

另一方面，搭乘移民船的青年——晴生，曾在4岁时亲眼目睹双亲被哥斯拉杀害，20年间一直在研究如何打倒哥斯拉并夺回地球。当得知移民的可能性已不存在时，生存环境日益恶劣的船内，以晴生为中心的“回归地球派”人数渐增，并决定展开危险的长距离亚空间移动，重回地球。