十六世纪，藏传佛教格鲁派传入蒙古族地区，到十七世纪中叶，已经广泛传播于大部分蒙古族地区。喀尔喀蒙古部汗王派人赴藏，要求西藏派高僧前去传播佛教。1614年（明万历四十二年），觉囊派高僧多罗那他被外蒙古诸汗王迎请到库伦，并被尊称为“哲布尊丹巴”。1634年（明崇祯七年），多罗那他在库伦去世。次年，土谢图王妃生一子，被确认为多罗那他的转世，法号罗桑丹贝坚赞，立其为法王。顺治六年（1649），罗桑丹贝坚赞赴西藏学法。七年（1650），罗桑丹贝坚赞从四世班禅喇嘛罗桑却吉坚赞受戒，并觐见了格鲁派领袖五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措，两人均要求其改宗，作为正式承认其活佛地位的条件。在固始汗的扶植下，八年（1651），罗桑丹贝坚赞由觉囊派改宗格鲁派，达赖承认其为第一世哲布尊丹巴。从此开始了哲布尊丹巴活佛系统。顺治十四年（1657），罗桑丹贝坚赞回蒙古传法，驻喀尔喀土谢图汗部之额尔德尼召（光显寺），逐渐成为蒙古各部的宗教领袖。康熙二十七年（1688），喀尔喀部受准噶尔汗国噶尔丹的攻击，罗桑丹贝坚赞率喀尔喀三汗所属部众臣服于清朝。三十年（1691），康熙帝册封其为呼图克图大喇嘛，统管蒙古喀尔喀部宗教事务。此后，按惯例，哲布尊丹巴活佛系统的传承需受到清朝皇帝的册封才具有效力。