1984年，商丘站迁址重建站房（今商丘站南站房），站房位于道南，占地面积6004平方米，可同时容纳1500人候车。

2015年10月，商丘站北站房开工建设。

2016年9月10日，商丘站徐兰场启用，由于北站房部分工程仍未完成，二层落客平台暂时无法投入使用，乘坐高速动车组列车的乘客仍需从北站房一层进站；同年9月25日，商丘站北站房二层落客平台投入使用。

2018年2月1日，商丘站北广场，正式投入使用。

2019年12月1日，京港高铁商合段正式开通运营，商丘站京港场启用，至此商丘站全部建成。

设计参数

截至2018年6月，商丘站南站房占地面积6004平方米，建筑面积5156平方米，候车大厅占地面积1500平方米，为无柱屋盖钢网架结构，可同时容纳1500人候车。

设计参数

截至2018年6月，商丘站北站房建筑面积为15995平方米；截至2016年8月，南北站房高架连廊建筑面积4000平方米。

截至2018年6月，南站房售票厅设有33个售票窗口，可同时容纳700人购票。行包房1座，面积800平方米。站内有站台3座，风雨棚3座，地道2孔。地上2层候车室、局部4层办公区、地下2层商业街和市政交通配套设施。

截至2018年1月，北站房地上一层，地下二层为钢筋混凝土框架结构。商丘站北广场立面工程是高架落客平台，地面一层是绿地广场，负一层为公交车停车场和出租车集散地，负二层为社会车辆停车场，设有社会车辆停车场和社会车辆上客车道边。共布置1767个社会车辆停车位，社会车辆上客边3处。

截至2018年6月，商丘站共9台23线，16个站台面。其中陇海铁路3台8线、徐兰高速铁路3台7线、商杭高速铁路3台8线，1站台至5站台为陇海铁路站台、6站台至11站台为徐兰高速铁路站台、12站台至16站台为商合杭高速铁路站台。陇海铁路车场规模3台8线、徐兰高速铁路车场规模3台7线。

截至2017年9月，商丘站设有17部自动售（取）票机，南站房设有自动取票机4台、自动售票机9台，北站房设有4台自动售票机。

截至2016年8月，在商丘站北站房的一、二层东西侧各有开水房，不间断为旅客提供免费开水。

截至2017年9月10日，徐兰高速铁路开通后，商丘站累计发送旅客732万人次，日均发送旅客2.9万人次。

2023年春运期间（1月7日至2月15日），商丘站累计发送旅客1120284人次，同比增长61.0%；其中，1月27日，商丘站发送旅客4.4万人次，较2022年同期增加1.7万人次。4月29日至5月3日，商丘站累计发送旅客24.1万人次，较2021年同期增长1.3万人次，增幅5.7%；日均发送旅客4.82万人次，单日最高发送旅客5.71万人次。

商丘站南广场公交枢纽位于南广场的东西两侧和神火大道两侧，商丘站北广场公交枢纽位于北广场的负一层公交候车区和胜利路两侧。

截至2018年1月，商丘站公交站途经线路有46条。

商丘中心汽车站位于商丘站南广场对面，旅客出站后走过站前路即可乘坐。商丘中心汽车站主要发往省内和省外长距离城市的班车。

商丘站南广场出租车上下客停车位分别位于南广场周围、站前路和神火大道两侧。

商丘站北广场出租车上下客停车位位于北广场负一层出租车场站。

1949年，中原军区授予商丘车站锦旗题词：“商丘车站全体职工在淮海战役运输工作中起到火车头作用。”

1949年1月，邓小平到商丘车站检查工作时，对商丘总兵站、商丘火车站支前工作给予高度评价。

陇海铁路商丘站、郑徐高铁商丘站、商合杭客运专线在商丘“三站合一”。商丘站作为中国首个集普通铁路、多条客运专线、高速铁路为一体的铁路客运站，能够实现不同铁路客运的零换乘。释放交通枢纽动能，挖掘枢纽经济潜能，这是商丘化交通枢纽为经济枢纽的优先发展路径。（腾讯网 评）