商周祚是燕阳公（即商为正）之长孙，景亳公之冢子（即嫡长子）也。万历二十五年（1597年）举人。

万历二十九年（1601年）辛丑科张以诚榜进士，授邵武县令5载，廉洁如冰，因赔贴而致家产殆尽。入京，累官太仆寺少卿。

万历四十八年擢都察院右佥都御史，巡抚福建，不征民间一钱，擒斩剧盗，抗击倭寇侵扰，故离任之日，闽人为之立祠。

天启五年（1625年）再起兵部右侍郎，总督两广。翌年升兵部尚书，以母年老，请告归养，里居10载。

崇祯十年（1637年），起复都察院右佥都御史，掌院事。由于刚正不阿，屡违圣意而丢职归里。家无长物，撰写志传自娱。

商周祚墓地在浙江省绍兴县兰亭镇联合村商家山，其墓地在文革前还保存完好，规模极大，墓前有一甬道，一个墓道牌坊，两侧摆放着石人、石马、石虎、石羊、石狮各一对。可惜墓葬不幸毁于文革。