接下来，苏维埃开始掀起长时间的工会问题论战，无视俄国社会的形势发展。而此时，即1920年底到1921年春，各地爆发农民起义，工人罢工。动乱再也无法制止。

喀琅施塔得的水兵，大多来自南俄和乌克兰农业区的年轻农民。他们或通过休假的方式，或通过书信的方式，始终跟故乡农村保持着密切的联系，对农村、农民以及农业的状况一清二楚。农民们日益激烈的不满情绪，广大农村地区日益加剧的冲突、仇视和反抗，农业的凋敝败落，无不深刻地刺激并影响着这些水兵们。在关于暴动的调查报告中，全俄肃反委员会特派员阿格拉诺夫就写道：“……对一些暴动参加者的审讯表明：海军和红军中的不满情绪几乎同农民一样激烈，难以控制的不满情绪主要由从家乡农村传来的消息而郁积起来的，这些人一直同农村保持着密切的联系，家乡常常给他们捎来关于农村经济危机、地方政府滥用权力、余粮征集的不堪重负等等的坏消息……”

喀琅施塔得海军在二月革命和十月革命中都扮演了先锋的角色。喀琅施塔得要塞位于彼得格勒的出海口，是波罗的海舰队的主要基地。1917年2月，喀琅施塔得海军基地水兵爆发起义，3月分布在其他基地的整个波罗的海舰队水兵起义。11月7日，波罗的海舰队的“阿芙乐尔”号巡洋舰炮击冬宫，发出了十月革命开始的信号。而这发出十月革命第一炮的战舰，正是从喀琅施塔得基地开出的。事实上，早在1905年俄国黑海舰队战列舰波特马金号的水手就发生过起义。

驻在彼得格勒海域附近的喀琅施塔得水兵也受彼得格勒骚动的影响，于1921年2月28日发动“叛乱”。3月1日，喀琅施塔得暴动水兵召开全体会议并通过了一个决议，主要提出了经济和政治两方面的要求，如经济方面的要求主要有：“对全体劳动者均等供应口粮”，“实行工会和农民联盟集会自由”，“应给农民在自己的土地上耕作的全权，因为他们希望这样，并希望有以自身的力量而不是雇用劳力喂养和使用的牲畜”，“允许以自身的力量进行自由手工业生产”。政治方面的要求主要有：“鉴于现苏维埃不能代表工人和农民的意志，应立刻通过无记名投票重新选举苏维埃，在选举前应对全体工人和农民进行公开的事先宣传”，“对工人、农民、无政府主义者、左翼社会党派实行言论和出版自由”，“立刻撤除所有阻击队”，“撤销各类政治部，因为任何一个党都不能享有宣传自己思想的特权……代之应建立由当地选举的文化教育委员会，由国家拨给其资金”，“我们要求所有决议广泛地在报刊上公布”。3月3日，彼得格勒省肃反委员会呈交给全俄肃反委员会的密电中全文抄录了这份决议。

喀琅施塔得水兵在3月2日的集会上谴责布尔什维克血腥毁灭的三年。要求举行新的完全自由的秘密选举，要求言论自由，出版和集会自由，“没有布尔什维克的苏维埃”，平等分配食物，取消贸易限制，手工业和小工业自由发展，不得限制农民蓄养牲畜，等等。

他们在呼吁书上说，十月革命是在权利和自由的口号下取得的，而现在布尔什维克一党独揽大权，把专政的机器凌驾在其它社会主义政党头上、凌驾到工农兵头上，应立即通过自由和秘密投票选举新的苏维埃，给与所有公民言论和出版自由、结社自由，释放所有的政治犯，取消党的特权地位，“任何政党都不能享有特权并从国家领取经费”。一共两万六千水兵，其中两千六百党员，那种情况下有九百人退党，就等着俄共（布）十大召开，等着列宁表态。

水兵的要求首先表达了对苏维埃的严重不满，其次宣布了对恢复农村经济和商品经济的要求，包含着浓厚的平均主义色彩，表明这是一次农民性质的起义。

面对这种形势，列宁在派加里宁作为政府特使前往劝说水兵停止叛乱无效后，决定采取武力镇压措施。他说，“我要让你们几十年里不敢再打反对派的念头。”

1921年3月2日，列宁、托洛茨基联合署名的《苏俄劳动国防委员会的号召书》称： “劳动国防委员会决定”，“宣布彼得格勒市和彼得格勒省戒严”。同一天，彼得格勒军事委员会宣布对彼得格勒防区实施戒严的命令：“……对于不执行上述命令的犯罪分子，应按戒严法予以查办。如若在街上有人群聚集，部队可动用武器。如有抵抗者，一律就地枪决！”3月8日，对喀琅施塔得水兵的镇压行动全面展开。3月14日北方军队集群司令下达了关于强攻喀琅施塔得要塞的命令：“在夺取要塞时应严厉镇压兵变者，处决那里的士兵不要有丝毫的怜悯。在要塞不要让士兵耽误一分钟，应让他们尽快去达到战斗任务的最终目的。”3月17日，第七集团军司令图哈切夫斯基向南方、北方军队集群再次下达了关于强攻喀琅施塔得的命令：“南方军队集群司令今天应最终占领城市，并在其中实行铁的纪律”，“在协同下充分利用炮兵部队进行城市中的巷战”。也正是在这份命令中，图哈切夫斯基命令：“炮监应下令不晚于明天用窒息性气体和有毒气体的炸弹向‘彼得罗巴甫洛夫斯克’号和‘塞瓦斯托波尔’号发起进攻”。

图哈切夫斯基率领8万红军前往镇压。随后陆海军人民委员托洛茨基也前往督战。托洛茨基很不情愿地带领大批军队开赴喀琅施塔得。其间因冰河开裂，不少士兵未投入战斗便溺水身亡。托洛茨基命令，水兵若不投降，就像打靶一样，一个一个地击毙。果然水兵没有一个愿意放下武器。图哈切夫斯基就用大炮重重轰击喀琅施塔得，最后在契卡（cheka，全俄肃反委员会）部队赶赴现场后，水兵“叛乱”终于被彻底压下去。

经过激烈战斗，红军于3月18日晨占领了要塞，平定了叛乱。当日，南方军队集群参谋部发来密电报告，“整个喀琅施塔得被英勇的红军占领了”，“兵变者革命委员会已逃亡芬兰”。

水兵反抗之激烈和坚决，使大约一万红军被打死、致残或失踪。连托落茨基也惊呼从未见过如此以死抵抗的叛乱者。而喀琅施塔水兵队伍约有26000人，没有一个人投降。其中，八千人跑到芬兰，有一千多人内讧。二战以后斯大林又把逃到芬兰的人捕捉回来，关到集中营里去。

成千上万具尸体被留在结冰的波罗的海上，随着冰的融化产生了污染芬兰湾水区的问题，直到3个月后才得以解决。根据解密档案文件，从3月20日到4月15日，共计3000名“积极的叛乱分子”被捕，其中40%的人被处以极刑。到1921年夏，彼得格勒契卡主席团、共和国芬兰边界防卫特别部代表团、芬兰边界防卫特别部喀琅施塔得专门处特别三人小组和彼得格勒军区军事法庭共计对2103人判处了枪决，对6459人判处了刑期不等的监禁。

事后，据俄共第十次代表大会公布的材料，海军中30%的党员参加了起义，40%的党员宣布中立。

喀琅施塔得事件的象征意义大于其实际意义，这次事件在布尔什维克看来无疑是一场悲剧，而在其反对势力看来则象征着布尔什维克的失败，这在于喀琅施塔得水兵在十月革命中极为特殊的地位。1917年俄国革命普遍得到了俄国水兵的大力支持。1906年的维亚普里革命中，起义水兵控制了赫尔辛基附近的许多岸防工事和要塞，但是在仍然对沙皇政府效忠的波罗的海舰队猛烈轰炸下，起义被镇压。喀琅施塔得水兵曾是十月革命最重要支柱之一，其中1/10是布尔什维克党党员，曾被苏共领导人称为十月革命的“荣光和骄傲”。

喀琅施塔得水兵的激烈反抗行为也深深震撼了列宁。3月15日，他立即召开了布尔什维克党第十次代表大会，宣布停止执行战时共产主义政策，实施新经济政策，努力发展经济，改善人民生活，抚慰人民不满，保住苏维埃政权。同时，派出约300名有军事经验的代表加强第7集团军。

久拖不决的新经济政策终于得到实行，其中一项重要内容是以征收粮食税代替余粮收集制。农民按国家规定交纳一定的粮食税，超过税额的余粮归个人所有，大大减轻了农民的负担。1922年，政府通过《土地法令大纲》，允许农民自由使用土地和在苏维埃监督下出租土地和雇佣工人。在流通方面，1921年5月 ，苏维埃政权通过关于交换的法令，宣布实行产品交换。

国家通过合作社组织工业品同农民手中余粮直接交换。同时，允许私人在地方范围内进行商业往来。在工业方面，一切涉及国家经济命脉的重要厂矿企业仍归国家所有，由国家经营。而中小企业和国家暂时无力兴办的企业则允许私人经营。1920年11月，人民委员会发布租让法令，允许外国资本家在苏俄经营租让企业或同苏维埃国家组织合营股份公司。新经济政策的实行，重新建立了工业与农业之间正常的经济联系，使社会经济得以恢复，受到广大人民，特别是农民的欢迎，使1921年的危机迅速得到克服 。

暴动一发生，布尔什维克党和苏俄政府领导人就给暴动定性为“受外国势力支持的白卫军分子、社会革命党人和无政府主义者发动的反革命叛乱”。1921年3月2日，由苏俄政府劳动国防委员会主席列宁、共和国革命军事委员会主席托洛茨基联合署名的《苏俄劳动国防委员会的号召书》，则更明确地将这起军人暴动定性为“白卫军的新的阴谋”，“旧俄将军科兹洛夫斯基和‘彼得罗巴甫洛夫斯克’号军舰的叛乱”。

上述定性，成为后来苏联政府一直延续下来的官方说法，如1980年苏联百科全书出版社首次出版、1983年再版的《苏联百科辞典》，就将喀琅施塔得军人暴动称作“喀琅施塔得叛乱”：“1921年2月28日至3月18日在喀琅施塔得发生的反对苏维埃的叛乱，由社会革命党人、无政府主义者和孟什维克分子勾结白卫军和外国干涉者策划。红军部队在第十次党代表大会代表们的参与下，平息了叛乱。”一直至1991年底苏联解体，这种定性不曾有过改变。

从解密档案文件中找不出可以支撑苏联官方界说成立的文献根据，相反，这些文件表明：喀琅施塔得军人暴动并不是由什么政治组织事先预谋策划的，而是自发的。比如，在暴动被苏俄政府镇压后，全俄肃反委员会特派员阿格拉诺夫于1921年4月5日，呈交给全俄肃反委员会主席团关于暴动调查结果的报告就指出：“侦查材料无法确定，在兵变发生之前，反革命组织在要塞指挥人员中做过什么工作，也未发现协约国间谍的活动。运动的整个过程都说明没有这样的可能性。如果兵变是由某个在它发生之前就存在的秘密组织发起的，那么这个组织无论如何不会把它安排在那个时候，因为剩下的燃料、粮食储备仅够两周用，而且在冰面解冻之前也有太长的时间可以安排。”

这份报告还揭示了喀琅施塔得军民对于苏俄政府所声称的兵变的发动者是协约国间谍和沙俄将军等说辞的强烈反应：“这里值得注意的一个情况是，彼得格勒国防委员会劳动防卫会议对喀琅施塔得居民发出的号召激怒了喀琅施塔得水兵和工人，号召说协约国间谍和科兹洛夫斯基将军是兵变的发动者。而当时广大的群众几乎不知道谁是科兹洛夫斯基。另一方面，群众自己觉悟到这一运动的自发性而更加相信群众自身的力量，他们充满了好战的热情，认为白卫军间谍不可能在他们中间工作。几乎所有的苏维埃政府的号召不经删减地就刊登在喀琅施塔得报刊上。”

这份报告还明确指出喀琅施塔得军人暴动与苏俄境内外的反革命政党或组织没有联系：“……这样的联系并未建立。正如我已经指出的那样，兵变是自发产生的，要塞的几乎所有居民和驻防军都卷入了这一漩涡……这一运动是反对无产阶级专政和共产主义制度的反映，是农民和工人阶级的落后阶层对苏维埃政权粮食政策的不满，是他们对政权加于小私有者自由周转上的桎梏的公开反抗。原料危机，随后发生的缩减运输工具和部分工业企业停产，饥饿加剧——所有这些都加速了不满的爆发。”

1921年4月18日，即军人暴动被彻底平定后，全俄肃反委员会负责人萨姆索诺夫给芬兰边界特别防卫部发了一份密电，要求对方“紧急电告：有没有确切的资料可以证明左派社会革命党在喀琅施塔得事件中起了领导作用。公告需要你们所拥有的确切资料才能确定”。这份密电表明，即便在暴动被彻底平定后，苏俄政府仍没有掌握暴动是社会革命党人策划的阴谋的证据。

苏联解体后的1994年1月11日，俄罗斯联邦总统叶利钦发布命令，宣布参与喀琅施塔得事件者无罪。