这年秋天，扎什伦布寺殷诚请为该寺住持，十二月初三日，升扎什伦布的法座。三十四岁（万历三十一年，1603），这时后藏非常混乱，他密往拉萨，为诸佛像穿金，祈愿消除灭障。以后回闻寺。

这年秋天，四世达赖功德海（万历十七年、1589生于蒙古）经北路来藏。次年（1604）七月，善慧法幢仍回扎什伦布寺，闭关修时轮金刚承事法。

（万历三十三年1605），春季到前藏，建设彩绘曼荼罗为达赖喇嘛传授时轮金刚大灌顶。这年又应西藏南部诸寺的邀请，往各处弘法。夏天回扎什伦布寺安居。

万历三十五年（1607）六月，迎达赖喇嘛功德海莅扎什伦布寺。

万历三十七年（1609）冬，应诸大德的请求，开讲《集密经释》，开启金刚乘道，成立‘密咒院’。

万历三十九年（1611），应哲蚌寺的邀请，到前藏为达赖喇嘛和色拉，哲蚌寺诸大格西传授《金刚鬘论》中的大灌顶法。

万历四十一年（1613）春，应达赖喇嘛的请求，往拉萨主持传大招法会，会后并为福善祥活佛和四十多位格西传比丘戒。

万历四十二年（1614），在大招法会中为达赖喇嘛传授比丘戒。

万历四十四年（1616）十二月，开始兴建扎什伦布密咒院的大殿。达赖喇嘛功德海在十二月中入灭。

万历四十五年（1617），应色拉寺和哲蚌寺大众的邀请，就任两寺的住持。

万历四十六年（1618）春，受西藏西部古格（即阿里地区）之请，到那里弘法四个月。九月，从古格起锡，十一月返抵扎什伦布寺。

天启二年（1622），第五世达赖在哲蚌寺升座，班禅为落发，法名善慧海。以后在天启四年（1624），为他传授沙弥戒和长寿灌顶。

天启三年（1623），止贡派和帕主派互相争斗，他从中调解。并将大招寺中的观音殿重修一新。

天启六年（1626），噶登寺大众邀请他们任绛则法王。于三月初一日到噶登寺升座讲法。

崇祯元年（1628）春，到拉萨主持大召寺法会，又到噶登寺讲经，夏季回扎什伦布寺安居。

崇祯二年（1629），又到拉萨主持大招寺法会。会后到噶登寺，修建宗喀巴大师塔殿的金瓦顶。同时也修建绛则殿上的金顶。七月回扎什伦布寺。

崇祯四年（1631）三月至十月，书写大藏经全部。以后应前藏诸大德的邀请，到拉萨传授金刚鬘大灌顶等，并传比丘戒。

崇祯五年（1632）春，主持大昭寺法会，宣讲《本生论》，会后又在哲蚌寺给五世达赖喇嘛等传授时轮大灌顶等法。

崇祯八年（1635），开始用纯金书写藏经全部。崇祯十年（1637）十月到拉萨，次年四月，给达赖喇嘛传比丘戒。

崇祯十二年（1639）秋，蒙王赛钦法王等到藏请莅拉萨，传授大威德灌顶和文殊法类，修法海等许多随许法。又传授达赖喇嘛《无垢光大疏》（《时轮经》的大疏）等经论传承。

崇祯十五年（1642），接受霞炉寺的请求，升霞炉法座。夏季仍回扎什伦布寺安居。

清顺治元年（1644）十月，清帝派使臣来藏修福，供养达赖、班禅财施甚多。十一月中培修霞炉寺布敦所建石塔。

顺治二年（1645），修建闻寺的大殿。四月，又写金字大藏经全部。并塑诸护法神像。以后历年到各地弘法、修福。

顺治四年（1647）秋，清顺治帝差官赠送珠宝绸缎甚多，师都用以庄严三宝。

顺治九年（1652）三月，达赖喇嘛临赴京时，善慧法幢到那迦玛送行，又传修《菩提心教授》等多种教法。这时他已八十三岁了，返扎什伦布寺后，虽仍时常讲经说法，作供养法事，但不常出外。

西藏地方派系之间多次发生战争。例如：后藏在万历三十一年（1603）时，迦玛彭措曩贾父子和红帽语自在法称，嫉视黄教，到了万历三十三年（1605），迦玛彭措派兵到前藏，拆毁吉穴碉堡，杀害许多藏官，前后藏都很混乱。

1610年迦玛彭措曩贾又派兵占据亚觉。1612年，又占领后藏各要寨，遂称藏王。后在1618年又领兵到前藏，驱走蒙古兵，毁坏色拉、哲蚌两寺，驱逐僧众，并在拉萨和哲蚌寺的后山，杀害一千多人。这是黄教寺院遭迦玛派摧毁的一大劫难。

（1620）秋，蒙古大军重返西藏，将和后藏军队大战，这时地方政府劝请善慧法幢为调停和解。他虽到绒薄觉（地名）进行说和，但未得结果。暂到哲蚌寺居住，并广行救济。

（1621）七月，藏军屯集在绛塘岗，蒙古马军突然扑来，杀了几百人。师闻说匆忙赶来调解，结果藏蒙两方都以拉萨为共同供养处，由于师的盛名感召，两方立誓不在大招寺金顶光辉照临处打仗。这时，迦玛派夺占的黄教寺庙产业，也都纷纷退还寺主。

崇祯十四年（1614），蒙古乱徒劫掠措朴牛群，并侵犯止贡地界，又引起战争，师不顾身命危险又往调解，获得和解，救护了许多人生命。

1640年，固始汗法王差人迎请师到拉萨，以便谒见。当时藏王（后藏王迦玛敦回旺薄即迦玛彭措曩贾之子），也极力劝行。于是在四月十八日由扎什伦布起身。这时地方混乱。辗转被蒙军百余骑迎到蒙古兵营中，会见固始汗。固始汗表示七年决不退兵，并请师速往前藏。师遂经北路到拉萨，并到哲蚌寺给达赖喇嘛传授灌顶等法。

顺治十四年（1657），对于蒙古军和康巴达贡等争执，加以调解，使双方拘禁的大德等二百多人都得自由释放，地方也得以平息。

清康熙元年（1662）二月十三日，大师示寂于扎什伦布寺，寿九师的学问修证，都极高深，所有著述都是发挥经论深义利益时机的言教，现存四函，可分如下七类：

1、传纪类十五种；

2、上师瑜伽类四种；

3、显密教授类十八种；

4、密法类三十五种；

5、最密法类十种；

6、密法附传类十五种；

7、杂法类八种。

在藏地，宗喀巴大师被公认为是佛的具体化身－－代表佛的三大菩萨：既象征一切佛慈悲的观音、一切佛智慧的文殊和一切佛功德的秘密主金刚持菩萨的总体化身。宗喀巴大师是闻思修全面结合的典范。宗喀巴降世时藏传佛教正处于一个衰败的年代。僧侣戒行不严，教风不正，思想混乱。作为重兴西藏佛法的一代宗师，宗喀巴大师以大智大勇肩负起了改革振兴佛教的历史使命，除了力挽狂澜、大刀阔斧地从教义理论上进行正本清源、拨乱反正外，还从严整顿戒律，整顿教风，建立学院式的寺院，加强经学正规教育，为培养戒律严明、兼通显密教理的知识型的僧侣队伍方面做出了具有深远意义的贡献。　对于教理，他以囊括大典、网罗众家的气度，以中观为正宗，以月称为依止，总结大小乘、显密一切教诫理论，对显密理论在逻辑上的统一性、合理性，教理的开掘和解释的高度精确化方面做出了前所未有的贡献，使得长期被无知、曲解、邪说云雾覆盖的龙树、弥勒的显密经典学说重放光明。对于戒律，又以深刻谨严的态度抉择佛教各宗的见地，矫正旧派佛教的流弊。他所创的格鲁派因此为我国藏地第一大教派。他在文学上也有很高和造诣，为后世留下了大量的著作，影响极为深远。宗喀巴的突出贡献，得到了各个教派的充分肯定。在藏传佛教界，被誉为“至尊”、“第二佛”、“遍智法王”。宁玛派称颂宗喀巴是莲花生的化身，宁玛派著名学者居米旁作赞说:“佛菩萨的终极理，缘起性空甚深义，造出正确可信论，除您之外还有谁？”第八世噶玛巴作赞说:“北方佛陀殊胜教，邪风侵扰衰败时，驱邪扶正宗喀巴”，“说空无敌宗喀巴”。宗喀巴大师的亲传和再传弟子将他的清净法脉传遍了中国西南、西北各少数民族地区和北部满蒙地区，成了明清两代王朝朝廷信奉的主要宗教，并在北京建起了属黄教的喇嘛庙。大师及其弟子所创立的三大佛教学府——甘丹寺、色拉寺及哲蚌寺(十五世纪在西藏建成，后来在印度亦成立了境外寺院)，学僧数目共达二万，历代以来培养出无数高僧。