2008年，根据浙江省精神文明建设委员会下发的浙江省文明单位的复评结果，继续保留“浙江省省级文明单位”的荣誉称号。

2021年6月，嘉兴市第二医院党委被授予“浙江省先进基层党组织”称号。

2022年3月，嘉兴市第二医院心血管内科入选2020-2021年度浙江省青年文明号拟命名名单。