南宋绍兴十七年(1147)该派建噶玛丹萨寺(在今西藏昌都类乌齐附近)， 故名。该派在藏传佛教中最早采取活佛转世制度，有黑帽和红帽两系。红帽系始祖为札巴僧格。明成祖永乐五年(1407)封黑帽系五世却贝桑波(1384—1415)为“万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛领天下释教”， 并赐名“如来”(藏语为“得银协巴”)。元、明、清三朝该派在康藏均有一定实力。该派活佛司徒却吉尼玛著有《藏文文法大疏》， 巴俄祖拉陈瓦著有《贤者喜宴》，均为名著。