札巴僧格于元元统元年(1333)建乃囊寺成为该系的主寺。第二世喀觉旺布；第三世却贝意希；第四世却札意希，于明弘治三年(1490)在拉萨西北建羊八井寺，替代乃囊寺的主寺地位；第五世贡却演拉；第六世为却吉旺秋，支持藏巴汗政权反对格鲁派，将蒙古却图汗的军队引入西藏，后却图汗之子阿尔斯兰转而支持格鲁派时，将他杀死在藏北当雄；第七世耶歇宁波；第八世却吉顿朱，于清雍正九年(1731)和黑帽系第十二世绛曲多吉应召进京朝见雍正帝，次年二人先后卒于北京；第九世却吉尼玛；第十世却朱加措，为第六世班禅贝丹益西的同母异父之兄，曾引廓尔喀军队两次入西藏。乾隆五十五年(1790)， 乾隆帝派福康安入藏破廓尔喀， 却朱加措自杀。清政府下令以叛国罪论处，将其骨殖分挂各寺示众，没收羊八井寺的财产，并禁止其活佛转世，红帽系从此断绝。