囊谦千户与中央朝廷建立关系始于南宋时期。宋孝宗淳熙二年（1175），囊谦头领直哇阿路与名僧勒巴尕布归附南宋政府，黎州官员颁发文册：承认直哇阿路为囊谦部落的土官，准许在其辖境修建佛教寺院一座并由勒巴尕布主持教务等。这是中央王朝在玉树地区施政的开端。

1265年，八思巴返藏途经玉树时，第二世囊谦王阿由路哇不失时机地与八思巴建立联系。八思巴到西藏后，代表元朝中央委任乌思藏十三万户时，囊谦千户阿由路哇急速派其弟入藏晋见八思巴，请求给囊谦王颁发领地执照。八思巴以国师领总制院身份加封囊谦王阿由路哇，承认囊谦所属6部落为囊谦的领地和属民。

1368年，明朝建立。广大藏区，正式被纳入了边疆管理体制之内。

清朝定鼎之初，全国局势尚不稳定，这一时期，也是囊谦部落的多事之秋。