首先是普遍调查，尽数收集。通过《中国丛书综书》和《中国古籍善本书目》及其他藏书目录提供的线索，并借助各地同仁的力量对全世界200余家图书馆、博物馆、大专院校所藏四库存目书进行大规模的查访，在此基础上编定工作目录。这一工作十分有成效，发现了不少极为稀见甚至早为有关专家宣布失传的古籍。例如明代茅元仪《青油史漫》二卷，任道斌先生《茅元仪著述知见录》（1985年书目文献出版社排印本）认为“今佚”，发现上海图书馆有抄本，台湾中央图书馆有明崇祯刻本。又清代曹溶的《倦圃的植记》三卷，是一部园艺方面有价值的书，农学史家王毓瑚先生《中国农学书录》（1964年农业出版社排印本）说“书没有流传”，发现上海图书馆有清抄本。其次是剔除重复，精选版本。四库存目与《四库全书》之间有某些内容完全相同之书，四库存目内部也有某些内容完全相同之书，凡此皆予剔除，以免重复。例如子部儒家类存目有明顾宪成《顾端文公遗书》三十七卷，又有《小心斋札记》十六卷。后者是前者的一部分，因此《存目丛书》只收内容较全的《顾端文公遗书》，不再重复收录《小心斋札记》。这样处理可以使《存目丛书》的篇幅有所节省，从而减轻购买和庋藏的困难。同时对于确定收录的存目书，严格选择底本。选择底本一般都认为要选“善本”。然而一书若有数本传世，何者为善，却绝难判断。为了保存文献，一般首先选择不缺卷不缺页的足本。在足本的前提下，再选择较早的刻本或抄本。由于旧刻旧抄接近古籍原貌，而且日见稀少，学者难得一见，一旦影印，化身数百，可以满足更多学者的要求，因此十分重视旧刻、旧抄本。在刻、抄时代相同的情况下，对有前辈学者题跋的本子则优先考虑使用，以便保存更多的文献。再次是原版影印，整旧如旧。凡原书版框数据烂、漫漶不清，一律不加修饰改动，力求保持版本原貌。目的不但是要为学术界提供完备的资料，同时也为学术界提供可以信赖的版本。所收书八成为宋、元、明、清各级善本，三成为孤本，诸如杭州市图书馆藏明万历四十一年刻明朱睦㮮撰《圣典》二十四卷、北京图书馆藏明万历六年刻《金华府志》三十卷、南京图书馆明嘉靖十四年刻《定远县志》十卷、日本国会图书馆藏明万历二十一年刻《衡州府志》十五卷、北京图书馆藏明刻明潘之恒撰《黄海》六十卷、美国国会图书馆藏明嘉靖刻蓝印本明龚辉撰《西槎汇草》一卷、故宫博物院图书馆藏清康熙抄本郑端撰《孙子汇微》八卷、北京图书馆藏明初刻元艾元英撰《如宜方》二卷、上海图书馆藏清抄本曹溶撰《倦圃莳植记》二卷、辽宁省图书馆藏元余卓刻宋杨万里撰《四六膏馥》七卷等，均系人间孤本。弥足珍贵，极富收藏及研究价值。

《四库全书存目丛书》是对《四库全书》的补充与完善。拥有台湾商务印书馆影印之文渊阁《四库全书》，又拥有《四库全书存目丛书》，则乾隆以前中国历代典籍十得八九。《四库全书存目丛书》（1200册，补编100册），对研究中国历代政治、经济、军事、法律、社会、思想、宗教、文化、科技都有重要意义。

1994年6月24日，国家重点古籍整理项目《四库全书存目丛书》第一册出版发行。整个项目投入资金逾6000万元，到1997年11月2日全部编印完毕。《四库全书存目丛书》共收录古籍珍本4508种，几乎囊括了现存的乾隆以前、《四库全书》之外的所有古籍，是图书馆构建基本古籍书库的必备书。特别是将散藏于国内外百余家图书馆的孤本秘籍汇聚在一起，免除了各地往返检索查阅的困难。