安娜和养父母生活在一起，她没有一个朋友，是个自卑而孤独的小姑娘。后来的一个夏天，安娜被送到了诺福克，和老佩吉夫妇一起生活。在这个海边的村子里，安娜认识了同龄的女孩玛妮。她们成了好朋友，一起玩耍，一起谈笑。玛妮让安娜脱离了孤独，学会了交朋友。然而，突然有一天，玛妮消失了。但村子里没有一个人知道玛妮的存在。

因铃木敏夫对于此改编动画的故事背景要求，有列出希望能改以让当地观众熟悉的本国日本为场景；以及在大众通讯行动上网尚未普及、距离现今稍有一些年份的现代社会。而为了展现出原作小说所描述珍珠色的天空，米林宏昌选择至北海道一带取景。其中为了写出符合女主角玛妮来自混血家庭的设定，对作为日本对海外贸易的钏路一带历史做了较多的考察。