回部每城置驻扎大臣一至二员，其下置伯克，依当地习俗管理穆斯林事务。除哈密、吐鲁番以外，各处大臣从属于总理回疆事务参赞大臣（通常称为喀什噶尔参赞大臣）。哈密、吐鲁番两地大臣隶属于乌鲁木齐都统。喀什噶尔参赞大臣与乌鲁木齐都统皆受伊犁将军节制。

驻防的八旗、绿营兵丁在各城附近修筑规模略小的城堡，称为“满城”或“汉城”，供满洲、蒙古、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理。各大臣所驻之城兼辖其周边较小的城镇和村庄，大者称为“回城”，小者称为“回庄”。

光绪十年（1884年）置新疆省，实行郡县制，驻扎大臣、都统、伯克等官职随即废除。回部各城改设哈密直隶厅、吐鲁番直隶厅、阿克苏直隶州（后升为温宿府）、喀喇沙尔直隶厅（后升为焉耆府）、库车直隶州、乌什直隶厅、疏勒直隶州（后升为疏勒府）、莎车直隶州（后升为莎车府）、英吉沙尔直隶厅、和阗直隶州。民国后期，回部之名不再通行。

清朝在回疆的管理体制不一。

在塔里木盆地，清朝设立“总理各回城事务参赞大臣”（亦称喀什噶尔参赞大臣），管辖回部喀什噶尔（今喀什）、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事、领队大臣及其军政事务，同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务。

东部吐鲁番、哈密两地，清朝实行军、民两套体制并行的政策，军政方面设立吐鲁番领队大臣、哈密办事大臣，受制于乌鲁木齐都统；民政方面，设吐鲁番直隶厅，隶属迪化直隶州，哈密设理事粮厅，属镇西府，迪化州、镇西府组成镇迪道而隶属于甘肃省。吐、哈两地维吾尔上层因归属清朝较早，且参加平定回疆叛乱有功而被授予王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，实行札萨克制度，拥有世袭领地，但受本城大臣监督。

驻防的八旗兵丁在各城附近修筑规模略小的要塞，称为“满城”或“汉城”，供满、蒙、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理。

哈密与吐鲁番是天山以南最早归附清朝的地区。朝廷册封当地维吾尔首领为世袭的札萨克，授以王爵。两地享有很大的自治权利，与蒙古诸旗相似。两地还设有监督札萨克的驻扎大臣，即哈密办事大臣和吐鲁番领队大臣。驻扎大臣统领当地的驻军，受乌鲁木齐都统节制。

喀喇沙尔所辖城、村有：特伯勒古、塔噶尔齐、楚辉、乌沙克塔勒、硕尔楚克、博尔海、哈喇噶阿璊、库陇勒、车尔楚、策特尔、英噶萨尔、玉古尔、鄂颇尔、裕勒都斯、哈布齐垓、察罕通格。

库车所辖城、村有：托和鼐、阿巴特、裕赤哈喇、阿勒玉蘇布、特勒伯、哈喇阿萨尔、常格、哈鲁纳斯、库克体骞、达乌图、赢和、特克集、奇里什、额什克巴什。

库车兼辖之沙雅尔沙雅尔、托伊博罗多、喀伊木阿塔、塔里木、查盤、塔木根库勒、库克布叶、哈尔噶齐、坡斯、叶勒阿里克、叶伊勒干、布古斯孔郭尔郭。

乌什又称图尔璊。准噶尔占据天山南路後，将乌什回人迁往固勒扎（伊犁）为其种地，又将吐鲁番的回人迁徙至乌什。吐鲁番人怀念故地，遂将乌什称作吐鲁番，转音为图尔璊。清军平定回部后，定名乌什。乌什境内地名也多与吐鲁番相同。

乌什所辖城、村有：哈喇和卓、辟展、雅尔、洋赫、森尼木、鲁克察克、巴什雅克玛、古木克齐克、色帕尔拜、沙图、必特克里克、古古尔鲁克、连木齐木、雅木什、英额阿里克、罕都、布干、呼兰齐克、扎木必勒阿斯提、齐都伯、素衮。

喀什噶尔为喀什噶尔参赞大臣驻地。其满城名为徕宁城。

喀什噶尔所辖城、村有：伯什克勒木、伊克斯哈拉、牌租阿巴特、阿尔巴特、汗阿里克、塔什巴里克、赫色勒布伊、托璞鲁克、提斯衮、岳谱尔和（今岳普湖县）、英吉沙尔（今英吉沙县）、塞尔们、哈喇刻尔、托克库尔萨克、鄂坡勒、阿斯腾阿喇图什、鄂什、霍尔干、玉斯屯阿喇图什、阿喇古、巴尔昌、和什库珠克、阿喇楚勒（阿尔楚尔）、叶什勒库勒（蘇满）。

叶尔羌所属回城、回庄有：伯什恰特、雅哈阿里克、坡斯恰木、哈尔噶里克、贝拉、楚鲁克、伯什阿里克、皮什南、托古斯恰特、固璊（今皮山县）、章固雅、萨纳珠（桑珠）、木济、衮得里克、都漥、阿克阿里克、皮雅勒阿勒璊、鄂湍楚鲁克、舒帖、呼木什恰特、裕勒阿里克、阿喇勒、喀玛喇克、喇巴特齐、伊奇蘇凝阿喇斯、哈喇古哲什、和什阿喇布、库克雅尔、英额齐盤、色勒库尔（色勒克郭勒）、鄂尔多谔斯腾、密什雅尔、汗阿里克、塔噶尔齐、阿布普尔、拜林、库勒塔里木、呼拉玛（呼尔璊）、巴尔楚克（今巴楚县）、察特西林、塞尔勒克、喀尔楚。