1975年，福建省革命委员会下发《关于微生物研究所改变隶属关系的通知》，从1976年起，福建省微生物研究所收归省管，由福建省科学技术委员会领导。

1995年，国家医药管理局与福建省人民政府联合下发《关于联合共建微生物研究所的决定》，将福建省微生物研究所名称定为“国家医药管理局福建省微生物研究所”，人事管理、原财产归属和拨款渠道保持不变，业务工作由国家医药管理局科技教育司和福建省科学技术委员会共同指导和管理。

2004年，根据《中共福建省委机构编制委员会办公室关于国家医药管理局福建省微生物研究所更名的批复》，同意将国家医药管理局福建省微生物研究所更名为“福建省微生物研究所”，人、财、物均收归福建省科学技术厅管理。

据2024年9月研究所官网数据，福建省微生物研究所拥有职工87人（核定编制112人），其中正高级职称人员9名，副高级职称人员19名，博士9名，硕士34名。

福建省百千万工程人选：林风

据2024年9月研究所官网数据，福建省微生物研究所分设8个研究室和1个成果转化技术服务小组，建立了2个国家级创新平台以及10多个福建省、福州市级研发和技术服务平台。

国家级研发平台：微生物新药研制技术国家地方联合工程研究中心（福建）

福建省级研发平台：福建省微生物健康产品技术创新平台、福建省化药技术重大研发平台、福建省红曲微生物技术开发应用工程研究中心、福建省微生物新药自动发酵平台、福建省红曲菌种资源及其产业化综合开发技术服务平台、福建省微生物分析检测技术公共服务平台、福建省药品再评价研究公共服务平台、福建省药物制剂技术研发平台、福建省微生物及化学制药行业技术开发基地

福州市级研发平台：福州市生物制药行业技术创新中心

所属研究室：新药筛选研究室、微生物药物研究室、检测技术研究室、制剂研究室、药物化学研究室、mTOR抑制剂研究室、微生物保健品研究室、环境微生物研究室

所属成果转化技术服务小组：科瑞公司成果转化技术服务小组

所属转化平台：福建省生物产业技术研究院有限公司、福建省微生物药物试验中心有限公司、福建科瑞药业有限公司

据2024年9月研究所官网数据，福建省微生物研究所占地约13亩，配备了原值约4000万元先进的科研仪器设备。

据2024年9月研究所官网数据，福建省微生物研究所同美、俄、意、日、西班牙等国的高等院校、研究机构、制药企业的合作交流，同福建省内外数十家医药科研院校和制药企业建立了“互利互惠”的课题联合研究、人员交流互访、产品开发生产等合作关系。

据2024年9月研究所官网数据，福建省微生物研究所持续承担国家科技攻关项目、国家高技术研究发展计划（863计划）项目、科技部重大新药创制专项及福建省重大科技专项等重大科研开发课题30多项，先后从小单孢菌等放线菌和真菌中成功研制了多种微生物来源的化学药物，在全中国率先筛选并成功开发了新抗生素庆大霉素、西梭霉素、奈替米星，棒酸新型高效免疫抑制剂环孢素、雷帕霉素（西罗莫司）、他克莫司、霉酚酸酯，免疫增强剂胞必佳等重要医药品种，并成功推向工业化生产，取得了显著的经济效益与社会效益。

福建省微生物研究所研究生招生挂靠福建医科大学、福建中医药大学、福州大学，是国务院学位委员会批准有权接收培养博士、硕士研究生单位之一，拥有药理学、药物化学、微生物与生化药学等专业学科。

福建省微生物研究所所徽由英文字母组成的牌形图案，背景为太极，外环为研究所的中英文名称和成立年1955。

指导原则：立足特色、主次兼顾、突出应用、协调发展

2024年6月6日，福建省微生物研究所开展“香囊寄粽意，端午暖人心”主题活动。