2020年7月26日，国家呼吸医学中心成立大会在北京中日友好医院召开，中国医学科学院-北京协和医学院校长王辰院士担任中心主任。根据国家呼吸医学中心设置标准，经过严格遴选，国家卫生健康委决定分别以中日友好医院为主体设置国家呼吸医学中心、以广州医科大学附属第一医院为主体设置国家呼吸医学中心（广东），共同构成国家呼吸医学中心。

2020年12月22日，国家呼吸医学中心挂牌仪式在广州医科大学附属第一医院举行，中国工程院院士钟南山出任中心名誉主任。

2022年5月，广州医科大学附属第一医院国家呼吸医学中心与厦门市卫健委合作共建“国家呼吸医学中心厦门协同中心”

该中心实行“开放、流动、联合、竞争”的管理机制，以重大呼吸道传染病与肺损伤、慢性气道疾病、支气管肺癌、呼吸炎症与免疫性疾病、呼吸变态反应性疾病为五大重点研究领域，瞄准不断提高诊疗能力、强化科研攻关力量，培养骨干人才梯队，发展具有现代化水平、服务整体化、管理信息化、模式集团化的国家呼吸医学中心，探索形成协同发展、优势互补的发展模式。