国家水稻改良中心合肥分中心，其主要职能为：协助国家水稻改良中心组织本生态区域内水稻种质材料的搜集、整理、鉴评及交换工作；开展针对性的亲本材料和种质创新研究，为长江中下游地区新品种选育提供新的育种材料；面向长江中下游地区开展水稻育种研究，为水稻生产提供优良品种；开展良种良法配套的技术研究，为新品种大面积推广应用提供技术规范或技术规程；负责本生态区与种子工程相关的学术交流与技术培训。