2018年3月，根据国务院机构改革方案，组建中华人民共和国自然资源部，撤销国家海洋局，国家海洋局第二海洋研究所随机构改革划转；11月，根据中央机构编制委员会办公室文件，国家海洋局第二海洋研究所正式更名为自然资源部第二海洋研究所。

2023年7月，中非海洋科学与蓝色经济合作中心成立。

2024年6月，自然资源部第二海洋研究所加入联合国“海洋十年”进校园联盟。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所拥有在职职工400余人，其中中国科学院院士2人，中国工程院院士3人，浙江省特级专家4人，正高级专业技术人员93人，副高级专业技术人员177人，形成了一支院士领衔，杰青、优青、国家高层次人才特殊支持计划等国家级人才领军的高素质科技人才队伍，并入选国家创新人才培养示范基地。

中国科学院院士（专职）：苏纪兰、陈大可

中国工程院院士（专职）：金翔龙、潘德炉、李家彪

国务院政府特殊津贴专家：苏纪兰、金翔龙、石松、余国辉、袁耀初、李粹中、叶银灿、谢庆道、沈华悌、王康墡、彭阜南、高曼娜、廖先贵、华祖根、眭良仁、沈毅楚、浦永修、张海生、李家芳、黄韦艮、潘德炉、沈家法、孙煜华、黄大吉、李家彪、宁修仁、吕文正、许建平、陶春辉、王桂华、毛志华、韩喜球、陈建芳 、吴自银、何贤强、王春生

百千万人才工程获得者：黄大吉、吴自银

国家高层次人才特殊支持计划创新领军人才：陶春辉、毛志华、何贤强、方银霞、陈建芳

国家高层次人才特殊支持计划青年拔尖人才：许学伟、白雁

国家杰出青年科学基金获得者：何贤强、丁巍伟

国家优秀青年科学基金获得者：何贤强、吴巧燕、连涛、陈鹏

全国杰出专业技术人才先进集体：海洋卫星遥感技术创新团队、海底科学与资源权益创新团队

科技部重点领域创新团队：海洋卫星遥感技术创新团队、大陆架划界技术创新团队近海生态环境监测与预测团队

国家自然科学基金委创新群体：海洋动力环境的监测和预测研究团队

浙江省特级专家：叶银灿、陶春辉、毛志华、吴自银

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所建有1个国家重点实验室和3个自然资源部重点实验室，与浙江省共建有浙江省海洋科学院。此外，研究所还建有海洋检测中心、海洋标准物质中心等技术服务机构和技术支撑体系，在浙江临安建有科技研发基地。

国家重点实验室：卫星海洋环境动力学国家重点实验室

自然资源部重点实验室：自然资源部海底科学重点实验室、自然资源部卫星海洋环境动力学重点实验室、自然资源部海洋生态系统动力学重点实验室

所属业务部门：海底科学实验室、卫星海洋环境动力学实验室、海洋生态系统动力学实验室、海洋工程勘测设计研究院、海岸带与海岛研究中心、极地深海技术研究院

所属研究与业务化中心：中国大洋勘测技术与深海科学研究开发基地、 专属经济区与大陆架研究中心、印度洋业务化海洋学研究中心

所属技术支撑中心：海洋检测中心、海洋标准物质中心、海洋创新发展研究中心、科技成果应用中心、国际合作中心、研究生教育中心、船舶运管中心、科技保障中心

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所拥有仪器设备资源，包括各种类型的显微镜、光谱仪、质谱仪、电子探针、多波束、单波束、超短基线、海底地震仪等内业、外业设备。还拥有2个独立的在线服务平台“卫星海洋环境动力学国家重点实验室仪器设备共享平台”和“海底测试分析平台”；购置或研制海洋专业仪器设备总值设备逾5亿元，包括深海多波束测深系统、自动升降式海水剖面观测系统、岩芯扫描分析仪等大型仪器设备30余台套，并通过事企联合建造了“向阳红10”号海洋科学综合考察船。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所在浙江舟山长峙岛建有具备服务深海大洋勘探开发能力的装备研发基地。研究所共建有一条4500吨级的海洋综合科考船——向阳红10，该船满足深海海洋科学多学科交叉研究需求，于2014年3月入列国家海洋调查船队。同时，由研究所配建的“大洋号”大洋综合资源调查船于2019年12月入列，该船隶属于中国大洋协会，是一艘集多学科、多功能、多技术手段为一体的新一代大洋综合资源调查船，将以研究所舟山基地作为母港，由研究所运营。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所先后已与美国、法国、德国、加拿大、澳大利亚、韩国以及中国台湾和中国香港等20多个国家和地区建立了合作关系，先后开展各类海洋科技合作项目50余项。分别与毛里求斯海洋研究所、巴基斯坦海洋研究所、塞舌尔国家公园管理局、菲律宾国家地质科学研究所、美国伍兹霍尔海洋研究所、德国赫尓默兹基尔海洋科学研究所（GEOMAR）等十几家海外机构签署了所际间谅解备忘录或合作协议，并建立了中巴（基斯坦）海洋联合研究中心。

2021年5月24日，自然资源部第二海洋研究所与中国电科第三十六研究所签订战略合作协议。

2021年11月25日，自然资源部第二海洋研究所与青岛海洋地质研究所签订战略合作协议。

2023年3月13日，自然资源部第二海洋研究所与浙江海洋大学签订全面战略合作协议。

2023年9月1日，自然资源部第二海洋研究所与哈尔滨工程大学签署战略合作协议。

自然资源部第二海洋研究所根据学科发展、国家需求和原国家海洋局职能工作的需要，结合研究所优势，学科设置为5大重点研究领域和19个主要研究方向。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所先后承担973计划项目、863计划项目、支撑计划项目、基础性研究计划项目、科技部攻关项目、国家基金（包括重大基金、重点基金、杰出青年基金、优秀青年基金等）、省部级基金项目等多项，作为技术负责单位或主要研究单位承担了国家大洋专项大洋矿产资源勘查与研究项目、外大陆架调查与研究、中国近海海洋环境调查与评价专项、全球变化与海气相互作用专项、海洋公益性行业科研专项、中德南海大陆边缘地球科学联合研究等国家专项和国际合作项目，形成了多个优势学科团队，在大洋资源环境与极地科考、海洋遥感与海洋环境、海洋生物资源开发与利用、海岛与海岸带调查、海洋高新技术与工程技术研发等方面取得了科研成果。

《海洋学研究》（简称JMS）是经国家新闻出版总署批准，由中华人民共和国自然资源部主管，由中国海洋学会、自然资源部第二海洋研究所和浙江省海洋学会联合主办的海洋科学类综合性学术期刊，创刊于1983年（前身为《东海海洋》），于2005年第2期起正式更名为现刊名，季刊。主要刊登海洋科学领域具有前沿性、原创性、科学性、学术性和探索性的学术论文、研究报道、综合评述以及学术争鸣，以海洋观测、调查数据的科学表达为基础，注重介绍大洋、中国海区以及“两极”地区等全球各海区的数据资料和研究成果，侧重报道国家自然科学基金项目、国家重点和专项项目以及国际合作项目的研究成果，突出各学科同行关注的国际、中国国内前沿课题的报道，以及时反映各热点海区、热点研究方向的分析、讨论、对比和争鸣等的全面和深入的追踪报道为特色，主要内容包括海洋水文气象、海洋地质地貌、海洋生物与生态、海洋化学、海洋水产养殖、海洋环境保护、海洋遥感技术、海洋工程技术等。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所拥有国家级海洋工程勘察甲级证书、海洋工程设计甲级证书和海洋测绘甲级证书等资质，通过了国家计量认证的资质认定和国际质量管理体系ISO9001：2015标准认证。

截至2022年10月，自然资源部第二海洋研究所拥有物理海洋学、海洋地质学、海洋遥感、海洋化学、海洋生物、港口海岸及近海工程等20多个学科专业，有物理海洋学、海洋地质学、海洋遥感、海洋化学、海洋生物学等10多个学科专业依托中国国内外大学、研究所招收博士研究生。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所是国务院学位办批准的首批硕士学位授予单位，具有海洋科学一级学科硕士学位授予权，在教育部全国第四轮学科评估中，该所海洋科学获得“B+”的成绩，在全国参评海洋科学的高校和科研院所中并列第四。

截至2022年10月，自然资源部第二海洋研究所从国外及中国台湾、中国香港地区特聘客座教授20余名；拥有硕士生导师64人，在浙江大学、南京大学、同济大学、中国海洋大学等高校兼任博导27人。

据2024年3月研究所官网数据，自然资源部第二海洋研究所工作站拥有50%以上的在站博士后获得了国家自然科学基金青年基金、中国博士后科学基金、浙江省博士后科研项目择优资助等项目资助，3位博士后获得全国博士后创新人才支持计划资助，历年出站博士后留所工作比例达到近50%。工作站在2015年及2020年人力资源和社会保障部和全国博管办开展的综合评估中获得优秀，并被浙江省人力资源和社会保障厅评为“浙江省2020年度优秀博士后科研工作站”。

自然资源部第二海洋研究所所徽由内外两圆构成，外圆由研究所中文名和英文名构成，内圆由地球、波浪、SIO构成，象征着研究所推动国际合作和维护国家海洋权益的发展方向，象征着研究所从事海洋研究的基本任务，SIO为研究所的英文简称。

二所精神：求真、务实、敏行、致远

“求真”是“二所精神”的核心。海洋科研就是“求真”，探求客观规律。科研人员们要肩负责任感和任命感，善于学习、勤于思考、坚守职业道德、百折不挠、勇于创新。在探索海洋、开发海洋、保护海洋的过程中，坚持实事求是、敢为人先、勇于创新，鼓励百家争鸣，追踪科研前沿，用科学的态度和方法探索海洋工作相关的自然、人文等各方面客观规律。

“务实”是“二所精神”的特征。“务实”是基本的科研道德，二所人宝贵的历史积淀，也是培育丰硕科研成果的基石。科研工作离不开大量的、深入一线的调查研究，离不开严谨、科学的论证。科研人员们要提高执行力，脚踏实地、诚实守信、勤奋工作，要有为海洋事业奉献和牺牲的精神。

“敏行”是“二所精神”的精髓。“敏行”是二所人的行为准则。要有高度的政治和学术敏锐性，深刻的洞察力和高效的执行力。善抓机遇，雷厉风行；攻坚克难，坚持不懈；令行禁止，迅速果敢；团队融洽，分享协作。

“致远”是“二所精神”的指向。科研人员们要有一个宏伟的奋斗目标，立足全球，开阔视野，磨炼意志，拓展思维，兼容并包、和谐宽容，促进海洋事业可持续发展，为建设海洋科技强所、实现海洋强国之梦作出贡献。

2023年9月10日，由自然资源部第二海洋研究所与浙江省科协、华数集团联合主办的2023年“爱科学向未来”暑期海洋主题短视频征集活动现场讲解赛举行。