1999年6月，新闻出版署颁发了《国家电子出版物奖评奖办法》，部署首届“国家电子出版物奖”评选工作。截至9月30日参评推荐期结束，评奖办公室共受理参评作品126种，其中社科类33种、科技类19种、文化类26种、古籍类4种、少儿类7种、教育类24种、娱乐类2种、参考及工具类11种。

为了做好评奖工作，新闻出版署聘请教育、科技、历史、党史、文献、古籍、艺术、电子出版、计算机软件、光盘技术各方面的专家、学者及有关管理部门领导担任评选委员会委员。评选委员会制定了首届国家电子出版物奖的评选标准及程序，经过对参评电子出版物的初评、复评，产生了评选结果。