国家自然科学基金委员会医学科学部负责组织拟定医学科学领域的发展战略、优先资助领域和项目指南；负责受理、评审和管理各类医学科学基金项目；负责国际合作交流项目的组织与管理；负责专家评审系统的组织与建国家自然科学基金委员会医学科学部主要资助针对机体细胞、组织、器官和系统的形态、结构、功能及发育异常以及疾病发生、发展、转归、诊断、治疗和预防等开展的基础研究和应用基础研究。国家自然科学基金委员会医学科学部设主任1名，副主任2名，1个综合处，8个科学处。