该军编成后，隶属左翼军继续北伐。9月中旬，该军策应北伐军中路攻击武汉，先后攻占公安、黄金口和陡湖堤等。此时川军杨森与直系卢金山组成川鄂联军，企图反攻鄂西。在国民革命军第十军和国民革命军第八军配合下，第九军击败川鄂联军，并攻占宜昌。

1927年2月5日，唐生智以“蹂躏江西，与吴、孙勾结”罪名扣押彭汉章。第一师被改编为独立十五师；第二师被编为国民革命军第十一军第二十六师；第三师被国民革命军第二十五军收编。8月13日，唐生智枪杀彭汉章，第九军番号撤销。

1926年秋天，滇军金汉鼎经朱培德同意，在江西赣州编成独立第十六师。1927年5月初，独立第十六师扩编为第九军，金汉鼎任军长，下辖第二十八师，师长韦杵；第二十九师，师长周志群。是时，武汉国民政府北伐，第九军留守江西九江。8月1日，中国共产党南昌暴动后，该军将原滇军杨如轩部编成第二十七师，隶属该军镇压中共部队。