按照教育部的指令，在上海成立了东南联合大学筹备委员会。暨南大学校长何炳松为主任，王凤喈为副主任，胡健中、骆美奂、张寿镛、曹惠群、杨永清、黎照寰、樊正康、裴复恒、阮毅成、许绍隶、许逢熙、胡寄南、李培恩、胡敦复为委员，校址设于浙江境内。6月下旬，由暨南大学建阳分校主任周宪文代替王凤喈为副主任委员。委员中大多是上海公私立大学校长，另有部分委员是金华当地地方官员。

1942年3月24日，东南联合大学办事处在金华酒坊巷金华中学正式成立，由原暨南大学训导长的训育员娄子明任处长。办事处的主要任务就是接待和登记从上海撤出的各大学师生。

1942年4月5日、13日、25日东南联合大学筹委会在金华连续召开了三次筹备工作会议，筹建工作进展顺利。并派员在临浦、诸暨、南涧、渌渚设立交通站沿途照料上海内迁师生。

东南联大的在金华收容了上海专科以上学校学生200余人，国立交通大学、国立上海医学院等校学生亦有不少由东南联大筹委会资遣径赴设在重庆的母校继续学业。上海各校之教职员经过杜佐周的联络接洽，大部准备内迁，或在内迁途中。

1942年5月15日，日军突犯浙东，浙赣战争爆发，“金（华）兰（溪）一带日受敌机肆扰，军政教育各机关遂相继向西撤离。”

1942年5月17日晚，东南联大200余名师生在当地驻军的协助下，准备撤退到江山。到达江山后，根据顾祝同的建议，学校决定再次转移到福建建阳。

1942年5月30日，全体师生步行经浦城开赴建阳，6月24日全部抵达建阳。东南联大筹委会设在建阳童游奎光阁新建楼房里，何炳松同时担任暨大和联大的校长，上午在暨大办公，下午在联大办公，两校办公处相距三华里。

1942年9月中旬，何炳松致电民国教育部，请求正式成立东南联大，以免上海未迁学校徘徊不前。但两个月后才等到民国教育部“已令该校限期成立”的覆电，但关于学校成立的正式公文却没有着落。

不久，大同大学校长曹惠群率领师生抵达安徽屯溪，教育部电令何炳松收容，并指示可在屯溪设立东南联大分校。

1942年12月29日，国民政府行政院第606次会议决定：“东南联合大学归并英士大学，而将英士大学改为国立。”

1943年6月，东南联合大学的文理商三学院和先修班并入国立暨南大学，法学院和艺术专修科并入国立英士大学（1949年被裁撤并入浙江大学、复旦大学），7月底，存在了1年5个月的东南联大结束。从此“东南联合大学”遂成为历史陈迹。

东南联合大学设文、理、法、商四学院以及艺术、体育、纺织三专修科；筹备委员会分设秘书处、总务处、编训处、会计室与设计委员会；总务处分设文书、事务、出纳、交通四组，编训处分设登记、训导两组。

1942年9月中旬新学年开学初，考虑到东南联大尽管初具规模，但在师资、生源、校舍诸方面仍存在很多困难，于是“权将联大文、理、商三学院与暨（南）大（学）原有的文、理、商三学院合并上课；另设法学院和艺术专修科，容纳联大有关院系的师生。教师一律由暨南大学致聘，既是联大教师又是暨大教师。”学校聘请胡寄南为教务长，娄子明为训导长，朱中虑为总务长，杜佐周为文学院院长，江之永为理学院院长，孙怀君为法学院院长，陈振铣为商学院院长，谢海燕为艺术专修科主任。

东南联大的生源除早先在金华收容的上海学生外，1942年8月下旬还从撤退到建阳的沦陷区高中毕业生中录取新生48名，先修班学生38名，这时全校共有学生231名。根据教育部指令，暨大先修班划归东南联大。在1942年暨大第二次招收新生过程中，分别在福建的建阳、南平，浙江龙泉，江西铅山设立考点，录取新生226名，另外为了不使沦陷区高中毕业生“流浪失学，无所归宿”，录取了先修班学生99名也由东南联大负责培养。

谢海燕先生为东南联大设计了校徽，外廓作凸版V字形象征太平洋战争爆发，中国与各个盟国共同抗日，终将取得最后胜利，里面五环则象征东南五省紧密联合。