1905年，李瑞清出任两江师范学堂监督(校长)。

1906年，易名为“两江优级师范学堂”。

1912年，辛亥革命爆发。在战乱中，两江师范学堂陷于停办。

南京高等师范学校（1914-1923）

1914年8月，开始酝酿在两江师范学堂的基础上改建南京高等师范学校。1915年9月正式开学，江谦出任校长。

1916年春，设体育专修科，后来成为上海体育学院。

1917年，设农业专修科，后来成为南京农业大学。

1917年，设立商业专修科，后来成为上海财经大学。

1918年，设立工艺专修科，后来成为东南大学。

1918年，设立教育专修科，后来成为南京师范大学。

1920年，南京高师“拟就南京高等师范学校校址及南洋劝业会旧址，建设南京大学，以宏造就”；此后高师改大，定名“国立东南大学”，以南京高等师范学校之教育、农、工、商四个专修科改归东大，其他各本科仍由南高继续办理。郭秉文同时担任南京高等师范学校和国立东南大学校长，刘伯明任文理科主任兼校长办公室副主任(内务副校长)。

1920年时的系科设置： 设文理科、教育专修科、工艺专修科、农业专修科、商业专修科、体育专修科等。 文理科设国文、英文、哲学、历史、地学、数学、物理、化学等系。

国立东南大学时期（1921-1927）

1921年起以“国立东南大学”名义招生，南高不再招生，俟其学生全部毕业后即并入东大。

1923年7月，南京高等师范学校校牌撤去，南高正式并入东大。

1924年4月，停办工科，以工科机械、土木、电机三系与河海工程专门学校改组成立国立河海工科大学。

1923年时的系科设置（此时全校共有教职员200余人，学生1600人。共设5科28系，学科齐全，居全国之首）：

文理科：设国文、历史、外国语、政治、经济、哲学、物理、化学、数学、地学等系；

教育科：设教育系和心理系；

工科：设机械工程、电机工程、土木工程等系；

农科：设生物、农艺、园艺、畜牧、蚕桑、病虫害等系；

商科：设普通商业、会计、工商管理、银行理财、国际运输等系。

国立中央大学时期（1927-1949）

1927年3月，北伐军攻占南京，6月，以国立东南大学为基础，并入原由该校衍生的河海工科大学、上海商科大学和江苏法政大学、江苏医科大学及江苏境内南京工业专门学校、南京农业学校、苏州工业专门学校、上海商业专门学校四所公立专门学校，改组为国立第四中山大学。组建法学院。在上海吴淞创立医学院，是中国国立大学创办的第一所医学院。此时全校设文、理、法、商 、工、农、医、教育八个学院。

1928年2月，改名为国立江苏大学；

1928年5月，更名为国立中央大学，院系设置如下：

1928年时的院系设置：

文学院：中国文学系、哲学系、史学系、外国语文系、社会学系；

理学院：数学系、物理学系、化学系、地学系、生物学系、心理学系；

法学院：法律学系、政治学系、经济学系；

教育学院：教育学系、师资专修科、艺术专修科、体育专修科；

农学院：农艺系、圆艺系、农产制造科；

工学院：机械工程系、电机工程系、土木工程系、建筑工程系、化学工程系；

商学院：工商管理系、银行理财系、会计学系、国际贸易系；

医学院：基本医学系、临床医学系。

1932年6月，国民政府国立中央大学整理委员会将中央大学商学院独立为国立上海商学院（发展至1985年改名为上海财经大学）；将国立中央大学医学院独立为国立上海医学院（发展至1985年改名为上海医科大学）。

1935年5月，在南京重建医学院（后成为第四军医大学）。

1937年，抗日战争爆发，11月，国立中央大学西迁四川重庆沙坪坝，在重庆大学借出的松林坡建造校舍开学，后又在柏溪建供一年级新生所用新校区。医学院另迁成都华西坝，借用华西大学校舍。在重庆和成都仍有遗迹，如四川省立医院即是中央大学医学院抗战期间创办的附属医院。

1946年11月，国立中央大学迁回南京四牌楼原址。

1949年5月，中国人民解放军占领南京，军事管理委员会接管国立中央大学。8月，国立中央大学改名为国立南京大学。

1947年时的系科设置（拥有7院41系及科组、23个研究机构，规模之宏大，学科之齐全，师资力量之雄厚，均居全国各大学之首）：

文学院：中文系、外文系、历史系、哲学系、俄文专修科；

理学院：数学系、物理系、化学系、生物系、地质系、地理系、心理系、气象系；

法学院：法律系、政治学系、经济学系、社会学系、边政系、司法组；

师范学院：教育系、艺术系、体育系、体育专修科；

工学院：机械工程系、航空工程系、电机工程系、土木工程系、建筑工程系、水利工程系、化学工程系；

农学院：农艺系、农业经济系、园艺系、农业化学系、森林系、畜牧兽医系、畜牧兽医专修科；

医学院：医科、牙科、牙医专修科、护士师资专修科、高级医事检验职业科。

国立南京大学时期（1949-1950）

1949年8月，国立中央大学更名为国立南京大学，1950年10月去「国立」二字径称「南京大学」。或者可以称院系调整前的南京大学为老南京大学。

南京大学文理学院划出，与金陵大学的主体文理学院合并，组建新的南京大学，设在金陵大学原址，即现南京大学鼓楼校区。

南京大学工学院划出，与金陵大学电机、化工系合并，组建南京工学院，设在原南京大学校址，1988年改名为东南大学。

南京大学师范学院划出，与金陵大学原金陵女子文理学院部分和金陵大学师范、教育相关系科合并，组建南京师范学院，设在金陵女子文理学院旧址，1984年改名为南京师范大学。

南京大学农学院划出，与金陵大学农学院合并，组建南京农学院，先设在原南京大学丁家桥部，后迁往东郊卫岗。1988年改名为南京农业大学。

南京大学农学院林学系划出，与金陵大学森林科合并，组建南京林学院，先设在原南京大学丁家桥部，后迁往龙蟠路新庄。1985年改名为南京林业大学。

南京大学工学院水利系划出（即1915年并入中央大学的河海工程专门学院），与交通大学、同济大学、浙江大学以及华东水利专科学校的水利系科共同组建华东水利学院，先设在原南京大学旧址（今东南大学河海院），后迁往西康路。1985年改名为河海大学。

南京大学工学院航空系划出，与交通大学航空工程系、浙江大学航空工程系在南京共同组建华东航空学院，后迁至西安改名西安航空学院，1957年与西北工学院合并，组建西北工业大学。

南京大学体育系划出，与金陵大学体育系、华东师范大学体育系合并，在上海组建华东体育学院（1956年改名上海体育学院）。

南京大学医学院独立，在南京组建华东军区医学院，以后先后更名为第三军医学院、第五军医大学，1954年迁至西安与原第四军医大学合组为新的第四军医大学。

此外，改名为南京大学后，又有一些变迁。　1952年，南京大学参与中国大陆高校院系调整，文理科以外的院系划分出去，在文理学院的基础上，并入金陵大学文理学院，组建为文理综合性的新的南京大学，由原址迁至金陵大学旧址。

划分出的院系组建的院校包括：

南京大学师范学院独立，并入有关院校相关院系组建南京师范学院，设在金陵女子大学旧址，1984年改名为南京师范大学。

南京大学农学院独立，并入有关院校相关院系组建南京农学院，先设在原南京大学丁家桥部，后迁往东郊卫岗。1988年改名为南京农业大学。

南京大学农学院林学系独立，并入有关院校相关院系组建南京林学院，先设在原南京大学丁家桥部，后迁往龙蟠路新庄。1985年改名为南京林业大学。

南京大学工学院独立，并入有关院校相关院系组建南京工学院，设在南京大学旧址，1988年改名为东南大学。

南京大学工学院水利系独立，并入有关院校相关院系组建(南京)华东水利学院，先设在南京大学旧址，后迁往西康路。1985年改名为河海大学。

南京大学工学院航空系独立，并入有关院校相关院系组建(南京)华东航空学院，1957年并入组建西北工业大学。

南京大学医学院独立，组建(南京)华东军区医学院，1954年迁至西安合组为第四军医大学。

此外，以南京大学有关院系为主体，还组建了(上海)华东体育学院（1956年改名上海体育学院）诸校。

1960年，中国气象局和南京大学合作建立南京大学气象学院，1963年独立为南京气象学院，2004年改名为南京信息工程大学。

上海医学院

1932年，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，1985年改名为上海医科大学。2000年，上海医科大学并入复旦大学

南京大学

1952年，在调整出院系以外，南京大学接受金陵大学文、理学院以外，南京大学外文系接受了同济大学外文组、震旦大学法文组、复旦大学德文组，南京大学天文系接受了齐鲁大学天文算学系、中山大学天文系，南京大学地理系接受了四川大学地理系、浙江大学地理组。

1956年，南京大学心理系迁至北京，组建中国科学院心理研究所。

1960年，中国气象局和南京大学合作建立南京大学气象学院，1963年独立为南京气象学院，2004年改名为南京信息工程大学。

更多内容请参见：南京大学的历史。

华东军医学院

1951年，南京大学医学院划归军队系统，1952年1月正式独立改名为华东军区医学院，1952年3月改名为第三军医学院，1952年3月改名为第五军医大学，1954年迁至西安，成为今日第四军医大学的主要前身。

南京工学院（东南大学）

1956年至1960年，南京工学院的一些系科又被划分出来成为独立的院校。

1956年，南京工学院无线电工程系三分之一师资西迁成都，同交通大学、华南工学院相关系科共同组建成都电讯工程学院（今电子科技大学）。

1956年，以南京工学院食品工程系为基础组建无锡轻工业学院，发展至2001年合并有关院校改名为江南大学。

1958年，以南京工学院化工系为基础组建南京化工学院，发展至2001年合并有关院校改名为南京工业大学。

1960年，以南京工学院农业机械相关专业为基础组建农业机械学院，1961年迁址镇江，1982年改名为江苏工学院，发展至2001年合并有关院校改名为江苏大学。

1988年，南京工学院更名为东南大学。

2000年4月，东南大学和有关院校合并组建为新的东南大学。

更多内容请参见南京工学院的历史和东南大学的历史。

南京化工学院

1978年，南京化工学院无锡分院、常州分院成立；1981年，正式定名为江苏化工学院。1992年更名为江苏石油化工学院。2002年更名为江苏工业学院。2010年，更名为常州大学。

国立中央大学（台湾）

1962年，国立中央大学在台湾苗栗复校，建立地球物理研究所，1967年迁至桃园中坜，1979年恢复校名。

由南京大学（原国立南京大学）衍生的院校

国立中央大学（台湾中坜）

东南大学（江苏南京）

河海大学（江苏南京）

南京师范大学（江苏南京）

南京农业大学（江苏南京）

南京林业大学（江苏南京）

第四军医大学（陕西西安）

西北工业大学（陕西西安）

上海体育学院（上海）

上海财经大学（上海）

上海医科大学（上海）

重庆医科大学（重庆）

南京信息工程大学（江苏南京）

南京工业大学（江苏南京）

江苏大学（江苏镇江）

江南大学（江苏无锡）

中央美术学院 （*北京）

南京艺术学院（*江苏南京）

南京体育学院（*江苏南京）

南京航空航天大学（*江苏南京）

电子科技大学（四川成都）

国立南京大学（国立中央大学）有关院系还分出演化而成其他一些院校系所，如华东政法学院、中国科学院心理研究所。中央美术学院、南京艺术学院、南京体育学院、南京航空航天大学诸校的渊源，不是由有关院系直接分出组建，而是在其创建发展的过程中“国立南京大学”的师生校友发挥了重要作用。

附属及实验学校

南京师范大学附属中学（原国立中央大学、南京大学附属中学）

南京师范大学附属小学（原国立中央大学、南京大学附属小学）

鼓楼幼儿园（国立中央大学、南京大学前身教育科实验幼稚园）