1939年1月国民党五届五中全会为统一党政军的指挥，决议将国防最高会议改组为国防最高委员会，并通过《国防最高委员会组织大纲》，决定由该会代行国民党中央政治委员会之职权，中国国民党中央执行委员会所属各部会、国民政府所属各部会、军事委员会及其所属各部会，均受国防最高委员会指挥。1939年2月，国防最高委员会正式在重庆成立，由新任的国民党总裁蒋介石任委员会长，并以中央执行委员会常务委员、中央监察委员会常务委员，国民政府五院院长、副院长，军事委员会委员及由委员长提出经中央执行委员会常务委员会通过者为委员;以中央党部秘书长、各部部长、训练委员会主任委员、中央政治委员会秘书长、国民政府文官长、行政院秘书长，各部、会长，主任委员，军事委员会正副参谋总长，各部部长、军事参议院院长、军法执行总监部办公厅主任、战地党政委员会正副主任委员等为执行委员。由委员长指定其中的11人为常委。根据《国防最高委员会组织大纲》中规定：“国防最高委员会委员长，对于党政军一切政务，不得依平时程序以命令为便宜措施”。这样蒋介石就掌握党政军最高职权。