1998年国际运动医学联合会代表大会选出1998～2002年期间执委会，主席为巴西学者罗斯（Eduardo de Rose）博士。国际运动医学联合会美洲、西北欧、巴尔干地区、非洲、亚洲、地中海和阿拉伯等地区的组织每年召开一次代表大会。国际运动医学联合会有4个常设的专门委员会：教育委员会、联合会协调委员会、联络委员会、科学委员会。

到1998年9月，联合会有105个国家的团体会员和750名个人会员。

该组织的工作用语为法语、英语、德语和西班牙语。

该组织的出版物为国际运动医学联合会通讯和一年4期的《运动医学世界》杂志。

国际运动医学联合会与一些重要的国际组织有密切关系，国际体育科学与体育教育理事会、国际奥委会医学委员会、联合国教科文组织和世界卫生组织均派代表出席国际运动医学联合会执委会会议。