1590年起，耶稣会规定凡入华传教的耶稣会士，一律要先在澳门学习中国语言文字和礼仪，同年12月，果阿耶稣会长鲁德拉斯（安东尼奥夸德罗斯）委托贝勒兹，代峰拉和平托（安德烈平托）三人将圣保禄公学升为大学规格的圣保禄学院，是为澳门历史上第一所高等学校，也是远东最早的西式大学。升格为大学的圣保禄学院，经费仍得到葡商支持，直至1762年按照葡国王唐约瑟的命令被取消了，其成员被遣散。

学院招生对象大部分是欧洲的传教士和一部分中国，日本的修生。曾在圣保禄学院攻读毕业而入华传敎的耶稣会士约200多人，在这200多名毕业生中，几乎包括了入华传敎的主要骨干，其中不少是研究中国文化的学者，出版了不少研究著作，成为中西文化交流的沟通者。日籍著名传敎士安治郎，中国著名学者徐光启，大画家吴历等均曾先后在此修读。