在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。

数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。

战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……