一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神厄里斯。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、天琴座奥菲斯，南十字星古拉特、神盾座扬、奥利安座(猎户座)渣加等五位与黄金圣斗士实力相当的亡灵圣斗士（五人生前为白银圣斗士，其中渣加在生前是最强的白银圣斗士。）

正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到厄里斯送来的挑战书，他们重新穿上圣衣前往女神被困所在地，女神危在旦夕。到达圣域的星矢众人遭遇亡灵五人组，随即陷入苦战。

在星之子学园外，绘梨衣遇到交通意外，幸好冰河及时出手相救。原来星矢、冰河、瞬与及沙织小姐，一同来到星之子学园，星矢更受到孩子的欢迎。