黎培里当时名义上仍是梵蒂冈驻“中华民国”公使，他也听从梵蒂冈指令“坚守岗位”，未曾南迁台湾，为此引起了台湾当局的不满。但梵蒂冈拒绝承认新中国，基于这一立场，新中国也不承认与它的外交关系。“对于驻在旧中国的各国使节，我们把他们当作普通侨民对待，不当作外交代表对待。”因此，黎培里的在华身份只能是留在中国的摩纳哥籍侨民。

1951年3月31日，天主教南京教区代理主教李维光带领教众发表宣言，表示“在抗美援朝、保家卫国伟大的爱国主义旗帜下，我们天主教徒爱国不甘后人”，并首次提出割断与“罗马教廷”的联系。黎培里当天即致信全国天主教各教区主教，号召天主教进行抵抗。5月14日，《人民日报》刊登《天主教南京教区教徒联合宣言》和黎培里致中国天主教各教区主教的信，并发表短评《决不能容忍》，鼓励全国爱国反帝的天主教界行动起来，“把帝国主义者及其走狗肃清出去”。145月24日，天津天主教革新运动促进会致函南京教区，鼓励他们再接再厉勇敢地与帝国主义者作斗争。

在华外籍传教士是天主教神职人员，也是在华外国侨民。如何处理停留在中国的大量外国侨民，早在1948年，中共中央就已作出指示，欢迎守法侨民留下，对不法侨民则采用驱逐出境的办法。1950年8月19日，中共中央指示，“经过教会来保持在我国的帝国主义影响和加紧进行间谍活动”的特务分子，无论外国人或中国人，“均须依照共同纲领第七条坚决惩处”。12月初，刘少奇批示，政府可以在接受群众抗议和告发的基础上获取证据，证据充足则有权力处罚并驱逐具有反动行为的外籍人员。1951年5月，南京天主教弘光中学校长孙持方等联名上书南京市市长柯庆施，要求将黎培里赶出中国。6月24日，《新华日报》发表南京教区副主教李维光带领750多名神父、教徒要求驱逐黎培里的签名书。在这前后，《人民日报》发表了多篇社论和文章，支持南京天主教徒的举动。6月6日，上海市军管会召见天主教教务协进委员会秘书长华理柱（美国籍）等人，宣布协进会停止一切活动，听候处理。6月8日，上海市公安局查封了此机构。6月14日，上海天主教界170余人要求政府驱逐黎培里，彻查天主教教务协进委员会。

6月17日，《人民日报》转发《解放日报》刊登的震旦大学校长胡文耀的文章，在批判黎培里的同时，首次公开指出“圣母军”是黎培里的反共工具。这是《人民日报》第一次公开点名“圣母军”。

7月25日，李维光副主教率领南京天主教界3000余人举行游行大会，强烈要求政府驱逐黎培里出境。

7月底，北京天主教会发表宣言要求政府驱逐黎培里。《人民日报》刊登了北京天主教会要求驱逐黎培里等人的8000余人名单。

9月4日晚10时，南京公安局传讯黎培里，宣读南京市军管会主任粟裕、副主任唐亮签发的命令，指出黎培里的三项严重罪行，其中之一是他组织反革命团体“圣母军”，“以宗教为掩护”，在中国进行危害国家安全和反对人民政府的非法活动，决定将其永远驱逐出境。

9月5日，《人民日报》发表社论，号召天主教徒“必须严格分清敌我”，下定决心与潜藏在天主教内的一切帝国主义分子以及其他反革命分子分清界限，并把他们清除出去，才是全国天主教徒“唯一正当的出路”。9月6日，南京天主教举行庆祝大会，并通过了给毛泽东主席的致敬信。

1951年8月17日，北京市军管会破获震惊全国的“炮轰天安门案”。马迪懦（意大利籍，黎培里的“北京代表”、河北易县教区主教）协助国际间谍李安东（意大利籍）、山口隆一（日本籍），在北京乃兹府甲六号前梵蒂冈驻华公使代办处内私收藏迫击炮、枪支等武器，企图于10月1日国庆大典时炮轰天安门。外籍天主教神职人员接连卷入颠覆新中国的大案要案，这使得驱逐和取缔妄图破坏新生政权的教职人员及其反动宗教组织“圣母军”势在必行。

1951年6月，中共中央明确提出在1951年内摧毁全国“圣母军”的组织。6月24日，《人民日报》发表社论，指出“圣母军”是“帝国主义操纵的反共反苏反人民的国际性的侵略工具之一”

7月5日，《人民日报》发表长篇文章，对“圣母军”的历史、性质、政治目的、在华破坏活动进行详细论述，称其为“天主教内部的反动法西斯秘密组织”

1951年7月8日，中共中央向全国转发天津市委宣传部关于取缔“圣母军”的计划，并要求“其他地方亦予注意”

7月13日，天津市军管会主任黄敬签署并发布第21号布告，宣布取缔“圣母军”；要求一般支团以上职员须进行登记，坦白其从事的活动，交出反动组织证件；一般团员到指定地点，限期办理手续，声明退团停止活动，政府不予追究。到7月31日，天津有2000余人前往登记，声明退团。

随之，取缔“圣母军”的行动在全国陆续开展起来。7月10日，沈阳公安局破获“圣母军东北区会案”，随后逮捕有关外籍传教士6人（均法国籍）和中国籍神父4人。8月，沈阳市军管会下令取缔“圣母军”。7月25日，济南市军管会宣布取缔“圣母军”。8月5日，青岛市军管会宣布取缔“圣母军”。8月14日，太原军管会宣布取缔“圣母军”。11月8日，杭州市军管会明令取缔“圣母军”，驱逐外籍人员9人，逮捕中国籍“圣母军”成员21人，登记支团以上职员骨干分子267人，退团1591人。12月10日，长沙市军管会下令取缔“圣母军”，逮捕了宝仁（意大利籍）、包泽三（德国籍）、屈天锡（中国籍）、白晴岚（中国籍）等“圣母军”指导神父。12月24日，重庆市军管会宣布取缔“圣母军”。12月28日，兰州市军管会下令取缔“圣母军”，逮捕首要分子24人，驱逐外籍人员85人。湖北、广东、河南等地也相继取缔了“圣母军”。

但上海教区的取缔活动进展并不顺利。在主教龚品梅以及多名外国籍神父的暗中支持下，他们坚持认为“圣母军”是宗教组织，抗拒退团登记。1951年10月4日，上海市公安局逮捕徐文忠、张秋霖、徐应乔、金顺福（均中国籍）等“圣母军”指导神父。10月6日，逮捕莫克勤（爱尔兰籍）、沈士贤（中国籍）、陈哲敏（中国籍）、乐康（比利时籍）、赵玉明（加拿大籍）等人。10月8日，上海市军管会宣布取缔“圣母军”。10月12日，上海市公安局举办“圣母军罪行展览会”，设立登记处负责办理登记和退团手续，先后有400多名团员办理了手续。1953年3月25日，上海公安局以间谍罪逮捕田望霖、林仁（均比利时籍）和从犯8人；6月15日，再以间谍罪逮捕格寿平（法国籍）、翟光华（美国籍）、梅占元（法国籍）、斐有文（美国籍）、葛怀仁（美国籍）等人。与此同时，上海市人民政府文化教育委员会举办“帝国主义利用天主教进行阴谋破坏活动罪证展览会”，用实物、图片进行揭发和教育，参观群众达5万多人。江苏南京、海门的天主教徒也推选代表前来参观；鼓励天主教徒揭发批判。1955年9月8日，上海市公安局破获龚品梅反革命集团。之后两三个月内，上海地区有近3万名教徒，包括曾参加过“圣母军”或“教理小组”的青年教徒，分别参加了揭发和声讨的集会，过去曾因反对黎培里或龚品梅而被“停领圣体”的天主教徒，都“领到了圣体”。

1953年《人民日报》再发社论，要求一定要“肃清潜藏在天主教内的帝国主义分子”，文中提及潜藏在天主教的帝国主义分子，均是“圣母军”主力成员。同时再次强调人民政府对于宗教信仰自由政策和正当的、公开的宗教活动一向是坚决保护的，并特别指出在《共同纲领》和毛泽东《论联合政府》中“早已明白指出”。

1953年7月《朝鲜停战协定》的签订，标志着中国人民抗美援朝战争取得了伟大胜利。1953年11月27日至12月16日，国务院秘书长习仲勋、中宣部部长陆定一主持召开全国宗教工作会议。这次会议的报告指出，天主教外国传教士（新中国成立时计有2229人）现只有300人（其中准备留下的23人，准备驱逐或限令出境的34人，已判刑的17人，在押审讯中的60人，未处理的166人），“圣母军”已遭到严重打击，已知全国“圣母军”团员22322人，在取缔过程中登记和退团者占总数71%。

1957年7月15日至8月2日，中国天主教友第一次全国代表大会在北京召开，26个省市100多个主教区的主教、代主教、副主教、神父、修女和教徒代表241人参加，天主教的社会主义改造和天主教革新运动宣告成功。

圣母军最高领导机关(总部)设在爱尔兰首都都柏林，下设有总会、分会、区会，其领导成员有指导司铎、会长、副会长、秘书、会计、四大基干；其成员有三种：年满18岁者并进行过宣誓的为正式会员，未进行宣誓者为候补会员：只登记名字入会者为辅助会员。

“圣母军”的基层组织称支会，一个支会发展到20名团员时，分成两个支会。若干个支会组成一个区会，若干个区会组成一个分会，分会直属“圣母军”总部。每个区会、支会都有会长、副会长、秘书长和指导神父。在全国各地，发展最快的是天津、上海和北京。当时天津“圣母军”分会有6个区会、58个支会，上海“圣母军”分会有5个区会、57个支会，北京“圣母军”有9个区会、109个支会。1948年至1951年间，在上海、天津、青岛、济南、开封、北京、汉口等地共建立了“圣母军”3个分会、28个区会、400多个支会，发展十分迅速。“圣母军”还高度强调服从性，一旦获准加入“圣母军”，团员必须恪尽职守，准时参加周会，服从“圣母军”的安排，以此来坚定天主教徒的信仰。一直以来，天主教徒的服从性较高，这与天主教教义和历史有关。

经过事实调查，“圣母军”的反动活动基本有如下几类：

一、大量吸收逃亡地主、恶霸、土匪、特务和其他落后分子，以扩大其反动组织；同时改用圣母慈爱祈祷会的名义，要求人民政府准予登记，企图争取合法地位。这一阴谋被揭穿以后，立刻又分成小组，企图长期潜伏。

二、经常秘密集会，交换情报，讨论和布置进行破坏活动。例如天津‘圣母军’某支团在荷籍神父满济世的领导下曾组织‘圣奥斯定要理研究班’，收听‘美国之音’的广播，大肆造谣。又如当天津市爱国青年热烈报名参加军事干部学校时，‘圣母军’曾分别派出团员到爱国青年学生的家中去散播谣言，进行阻挠。

三、出版和散布反动书刊，如《现代问题解答》、《恐怖的共产主义》等等。

四、污蔑共产党、人民政府和人民领袖，在教会学校中，打击共产党员、青年团和进步学生。

五、积极地帮助文贵宾等帝国主义分子破坏天主教三自革新运动，例如散布《学习参考》等破坏三自运动的反动文件，阻止教徒在革新宣言上签名，向进步教徒进行欺骗、威吓等。

六、用恐怖手段，如写匿名信、暗杀等反革命行为来破坏社会治安，危害爱国教徒（如最近天津所破获的满济世案件等即是）。

1951《人民日报》社论指出“圣母军”是“帝国主义操纵的反共反苏反人民的国际性的侵略工具之一”，长篇文章称其为“天主教内部的反动法西斯秘密组织”

综观全国各地取缔“圣母军”的行动，采用的方法和路线基本一致，一般将“圣母军”成员分为三类，一是将进行严惩的反革命分子；二是将予以宽大处理的一般反动分子，须向政府坦白活动，登记交出反动组织证件；三是一般团员，向政府声明退出犯罪组织。

新中国成立后，天主教梵蒂冈罗马教廷不承认中国共产党领导的新政权，将“圣母军”引入中国并重点扶持，抵制新政权的无神论。其驻华公使黎培里通过控制旧中国天主教会权力的大量外籍天主教神职人员，发布敌视新中国言论，逼迫中国天主教会和一般天主教徒对抗新政权，“圣母军”是实施号令的最重要的机构，严重阻碍了对中国天主教的社会主义改造。为了赢得新中国外交主权独立、宗教主权独立，新政权以取缔全国范围的“圣母军”为切入点，驱逐参与间谍活动的外籍传教士，对帝国主义在中国的外交特权和宗教特权，进行了全面整治和肃清，推动了中国天主教界对新中国的政治认同和社会主义改造的顺利进行。