学院最初的使命是通过培养天主教牧师来服务于教会，自2012年起，圣约瑟夫神学院（邓伍迪）开始作为纽约大主教区、布鲁克林主教教区和洛克维尔中心主教教区的祭司形成的主要机构。同时，圣约瑟夫神学院（邓伍迪）也欢迎其他大主教区、主教教区、主教管区以及其他宗教教会的神学人员前来学习。学院致力于通过为符合要求的学生提供神学和哲学研究生学位专业来服务于教会，其中符合要求的学生包括那些想要通过系统学习加深对天主教信仰的理解的人和那些受召唤以领导角色服务于教会的人。为完成这一使命，圣约瑟夫神学院（邓伍迪）提供了硕士学位专业和研究生证书专业课程，具体包括天主教哲学研究文学硕士、牧师研究文学硕士、神学文学硕士、神学硕士以及教条主义神学研究生证书和宗教经典研究生证书。