1508年，C.哥伦布奉命率领50余人前去探险，来到了这里，称之为波多黎各，西班牙语意即“富裕之港”。

1521年，正式在此建城并推为首府。为了防御欧洲其他殖民者的侵犯和掠夺，该城周围筑起了许多城堡、工事和护城墙，仅通过城门和城桥与外界联系，成为典型的西班牙式墙垣之城。

有石油提炼、制糖、烟草、金属加工、电子、化学、药品、服装、纺织等工业。港口优良，全岛约半数的对外贸易经由此港，主要输出糖、烟草、水果、可可、咖啡等。

圣胡安港起着连接波多黎各海岛和美国内地的桥头堡作用，该港吞吐量已占到美国国内贸易吞吐总量的最大份额。2005 年吞吐量为 1,704,024TEU, 比上年增长 2.2%，世界排名第五十五位。

圣胡安港最大的运营商是克罗雷班轮服务公司，占整个港口吞吐量的三分之一；其次是 Horizon班轮公司，其吞吐量略少于总吞吐量的三分之一；剩下的由 See Star 班轮公司和 Trailer Bridge 班轮公司运营。以上 4 大航运公司都在琼斯条款的协约下进行运营，该条款规定，从圣胡安港到美国本土各地港口之间的船运业务只能由美国籍公司从事。

美国政府原计划利用该港在加勒比海极具竞争力的市场地位，在波多黎各海岛上再建一个重要港口，该计划由于加勒比海其它更有影响力的项目而耽搁了。

圣胡安港的当地政府正在致力于把该港建成“美国的港口”，同时，预计年吞吐量也将升至 200 万 TEU 。

城东的圣胡安国际机场为西印度群岛中最重要的国际航空港之一，距离市中心5公里，海拔高度为3米（9英尺），机场主要有两条跑道，一条是长宽为3049米×61米的08/26号沥青跑道，一条是长宽为2443米×46米的10/28号混凝土跑道，飞行区分级为4E。机场有一个主航站楼连接四个分厅，以及一个独立的航站楼并设有一个大厅，所有的机场大厦都是相通连接的。圣胡安国际机场归波多黎各机场管理局所有，由Aerostar机场控股有限公司运营，成为美国第二个私营机场。

据美国联邦航空管理局统计，该机场的年客运量超过400万人次，使之成为加勒比地区旅客流动方面最繁忙的机场，同时也是美国航空的枢杻港。圣胡安国际机场除了运营国内国际定期航线外，也提供包机服务和货运服务。现今，圣胡安市成为捷蓝航空公司的重点通航城市，机场新建的A号航站楼运营的日常航班达到27个班次，因此，捷蓝航空也成为了波多黎各最大的航空运营商；而美国航空在机场的日常航班达到25个班次，继捷蓝航空之后成为圣胡安国际机场第二大航空运营商。圣胡安国际机场服务的国内航班主要往返于北卡罗来纳州和波多黎各当地其他城市，使之成为连接美国本土与波多黎各的最主要的国际门户。

拉福尔塔莱萨宫：现为波多黎各总督府，沿海护城墙内的3座古堡中最大的一座，它是西半球历史最悠久的行政官邸，始建于1533年，1639--1640年重建。

圣克里斯托瓦尔堡：位于沿海护城墙西南角，建于1631--1772年，占地11公顷，由两名爱尔兰工程师设计，内有暗道、陷阱、迷宫和暗器等设施。

埃尔莫罗古堡：位于沿海护城墙末端，始建于1539年，当时曾是西班牙殖民政府所在地，高踞于圣胡安湾入口处，其古老的大炮炮口仍对着辽阔的海面，是当时的军事要塞，因当时海盗横行，西班牙商船队把它作为基地，也是海盗觊觎的目标。要塞几经战火，又几经修复，比较完整地保存下来，供游客参观游览。最古老的建筑是1523年庞塞·德莱昂建造的白色大厦，是波多黎各历史博物馆。

圣胡安包蒂斯大教堂：始建于1542年，1802年修复，是殖民者庞塞·德莱昂的墓地。

圣约瑟教堂：建于1532年。旧城中心，3层楼房的卷花铁栅阳台比比皆是，均是17－18世纪西班牙贵族们的住宅。

现有以下两个友好城市：哥伦比亚卡塔赫纳、美国夏威夷州火奴鲁鲁。